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万見
- PDB-7pea: cryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 1, overal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pea
タイトルcryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 1, overall refinement
要素
  • DEP domain-containing mTOR-interacting protein
  • Regulatory-associated protein of mTOR
  • Serine/threonine-protein kinase mTOR
  • Target of rapamycin complex subunit LST8MTOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / DEPTOR / mTOR (MTOR) / regulator / inhibitor (酵素阻害剤) / mTORC1 (MTORC1) / DEP-domain / PDZ-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of TORC2 signaling / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of pentose-phosphate shunt / T-helper 1 cell lineage commitment / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / cellular response to leucine starvation ...negative regulation of TORC2 signaling / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of pentose-phosphate shunt / T-helper 1 cell lineage commitment / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / cellular response to leucine starvation / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / heart valve morphogenesis / TFIIIC-class transcription factor complex binding / negative regulation of lysosome organization / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / TORC1 complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of autophagosome assembly / nucleus localization / TORC1 signaling / voluntary musculoskeletal movement / positive regulation of odontoblast differentiation / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of keratinocyte migration / cellular response to L-leucine / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to nutrient / energy reserve metabolic process / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / phosphatidic acid binding / ruffle organization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of cell size / positive regulation of osteoclast differentiation / cellular response to osmotic stress / enzyme-substrate adaptor activity / anoikis / negative regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle cell development / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / regulation of cell size / negative regulation of macroautophagy / オートファジー / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / lysosome organization / positive regulation of actin filament polymerization / protein kinase inhibitor activity / positive regulation of myotube differentiation / protein kinase activator activity / behavioral response to pain / oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / germ cell development / social behavior / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / cellular response to nutrient levels / HSF1-dependent transactivation / MTOR / positive regulation of TOR signaling / neuronal action potential / regulation of macroautophagy / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of translational initiation / 細胞内膜系 / response to amino acid / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of autophagy / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cellular response to heat / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / 14-3-3 protein binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / cytoskeleton organization / T cell costimulation / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / positive regulation of glycolytic process / protein serine/threonine kinase activator activity / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / response to nutrient / post-embryonic development / VEGFR2 mediated vascular permeability / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of PTEN gene transcription
類似検索 - 分子機能
DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 1 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 2 / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function ...DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 1 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 2 / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / HEATリピート / HEATリピート / Rapamycin binding domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フィチン酸 / Serine/threonine-protein kinase mTOR / Regulatory-associated protein of mTOR / DEP domain-containing mTOR-interacting protein / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.07 Å
データ登録者Waelchli, M. / Maier, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation179323 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Regulation of human mTOR complexes by DEPTOR.
著者: Matthias Wälchli / Karolin Berneiser / Francesca Mangia / Stefan Imseng / Louise-Marie Craigie / Edward Stuttfeld / Michael N Hall / Timm Maier /
要旨: The vertebrate-specific DEP domain-containing mTOR interacting protein (DEPTOR), an oncoprotein or tumor suppressor, has important roles in metabolism, immunity, and cancer. It is the only protein ...The vertebrate-specific DEP domain-containing mTOR interacting protein (DEPTOR), an oncoprotein or tumor suppressor, has important roles in metabolism, immunity, and cancer. It is the only protein that binds and regulates both complexes of mammalian target of rapamycin (mTOR), a central regulator of cell growth. Biochemical analysis and cryo-EM reconstructions of DEPTOR bound to human mTOR complex 1 (mTORC1) and mTORC2 reveal that both structured regions of DEPTOR, the PDZ domain and the DEP domain tandem (DEPt), are involved in mTOR interaction. The PDZ domain binds tightly with mildly activating effect, but then acts as an anchor for DEPt association that allosterically suppresses mTOR activation. The binding interfaces of the PDZ domain and DEPt also support further regulation by other signaling pathways. A separate, substrate-like mode of interaction for DEPTOR phosphorylation by mTOR complexes rationalizes inhibition of non-stimulated mTOR activity at higher DEPTOR concentrations. The multifaceted interplay between DEPTOR and mTOR provides a basis for understanding the divergent roles of DEPTOR in physiology and opens new routes for targeting the mTOR-DEPTOR interaction in disease.
履歴
登録2021年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13350
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine/threonine-protein kinase mTOR
D: Target of rapamycin complex subunit LST8
F: Regulatory-associated protein of mTOR
J: DEP domain-containing mTOR-interacting protein
A: Serine/threonine-protein kinase mTOR
C: Target of rapamycin complex subunit LST8
E: Regulatory-associated protein of mTOR
I: DEP domain-containing mTOR-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,052,76610
ポリマ－1,051,4468
非ポリマー1,3202
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21210 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area320490 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase mTOR / FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex- ...FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex-associated protein / Mammalian target of rapamycin / mTOR / Mechanistic target of rapamycin / Rapamycin and FKBP12 target 1 / Rapamycin target protein 1


分子量: 287484.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTOR, FRAP, FRAP1, FRAP2, RAFT1, RAPT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42345, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Target of rapamycin complex subunit LST8 / MTOR / TORC subunit LST8 / G protein beta subunit-like / Protein GbetaL / Mammalian lethal with SEC13 ...TORC subunit LST8 / G protein beta subunit-like / Protein GbetaL / Mammalian lethal with SEC13 protein 8 / mLST8


分子量: 35910.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLST8, GBL, LST8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BVC4
#3: タンパク質 Regulatory-associated protein of mTOR / Raptor / p150 target of rapamycin (TOR)-scaffold protein


分子量: 155963.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPTOR, KIAA1303, RAPTOR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N122
#4: タンパク質 DEP domain-containing mTOR-interacting protein / DEP domain-containing protein 6


分子量: 46365.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEPTOR, DEPDC6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TB45
#5: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mTORC1 in complex with its regulator DEPTOR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.04 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
220 mMbicineビシン1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
42 mMTCEP1
50.25 %glycerolグリセリン1
試料濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
9cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.2.0分類
12cryoSPARC3.2.0３次元再構成
13PHENIX1.19-4092モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 425076 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6BCX

6bcx

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00259492
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45380742
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.24621934
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0389174
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00510282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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