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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p48 | ||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus ribosome in complex with Sal(B) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / antibiotic resistance / ABC-F protein / ribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus lentus (バクテリア) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Nicholson, D. / Ranson, N.A. / O'Neill, A.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Sal-type ABC-F proteins: intrinsic and common mediators of pleuromutilin resistance by target protection in staphylococci. 著者: Merianne Mohamad / David Nicholson / Chayan Kumar Saha / Vasili Hauryliuk / Thomas A Edwards / Gemma C Atkinson / Neil A Ranson / Alex J O'Neill / 要旨: The first member of the pleuromutilin (PLM) class suitable for systemic antibacterial chemotherapy in humans recently entered clinical use, underscoring the need to better understand mechanisms of ...The first member of the pleuromutilin (PLM) class suitable for systemic antibacterial chemotherapy in humans recently entered clinical use, underscoring the need to better understand mechanisms of PLM resistance in disease-causing bacterial genera. Of the proteins reported to mediate PLM resistance in staphylococci, the least-well studied to date is Sal(A), a putative ABC-F NTPase that-by analogy to other proteins of this type-may act to protect the ribosome from PLMs. Here, we establish the importance of Sal proteins as a common source of PLM resistance across multiple species of staphylococci. Sal(A) is revealed as but one member of a larger group of Sal-type ABC-F proteins that vary considerably in their ability to mediate resistance to PLMs and other antibiotics. We find that specific sal genes are intrinsic to particular staphylococcal species, and show that this gene family is likely ancestral to the genus Staphylococcus. Finally, we solve the cryo-EM structure of a representative Sal-type protein (Sal(B)) in complex with the staphylococcal 70S ribosome, revealing that Sal-type proteins bind into the E site to mediate target protection, likely by displacing PLMs and other antibiotics via an allosteric mechanism. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 タイトル: Sal-type ABC-F proteins: intrinsic and common mediators of pleuromutilin resistance by target protection in staphylococci 著者: Mohamad, M. / Nicholson, D. / Saha, C.K. / Hauryliuk, V. / Edwards, T.A. / Atkinson, G.C. / Ranson, N.A. / O'Neill, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p48.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p48.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7p48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p48_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p48_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p48_validation.xml.gz | 226.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p48_validation.cif.gz | 362.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p48 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 1234CDEFGHIJKLMNOPQRSTVWXYZ
-RNA鎖 , 5種, 5分子 57ABa
#5: RNA鎖 | 分子量: 23544.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 935.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
#8: RNA鎖 | 分子量: 946022.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
#9: RNA鎖 | 分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1434110260 |
#34: RNA鎖 | 分子量: 500724.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
-タンパク質 , 2種, 2分子 6U
#6: タンパク質 | 分子量: 66070.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus lentus (バクテリア) 遺伝子: abc-f, H3V22_03170 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A0A7D7YNB9 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 10334.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A7R6NZR0 |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#35: タンパク質 | 分子量: 26588.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A2X2M020 |
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#36: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077UU26 |
#37: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8TVK2 |
#38: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8TUC9 |
#39: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8TPC6 |
#40: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077VHU6 |
#41: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8U8T8 |
#42: タンパク質 | 分子量: 14642.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A1Q4GY48 |
#43: タンパク質 | 分子量: 11598.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A0H2K0A0 |
#44: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077UKD6 |
#45: タンパク質 | 分子量: 16813.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A133PZQ5 |
#46: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8U8U6 |
#47: タンパク質 | 分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077UGW7 |
#48: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8U6H8 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8U6K4 |
#50: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077VLD5 |
#51: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077UZF4 |
#52: タンパク質 | 分子量: 12319.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A133PYC3 |
#53: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8UXC3 |
-非ポリマー , 3種, 7分子
#54: 化合物 | #55: 化合物 | #56: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Staphylococcus ribosome in complex with Sal(B) / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59889 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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