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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ozp | ||||||||||||||||||
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タイトル | RNA Polymerase II dimer (Class 3) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Polymerase / Dimer / Complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex ...: / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / organelle membrane / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase III activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / fibrillar center / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nuclear speck / nucleotide binding / DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa domesticus (ブタ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Aibara, S. / Dienemann, C. / Cramer, P. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structure of an inactive RNA polymerase II dimer. 著者: Shintaro Aibara / Christian Dienemann / Patrick Cramer / 要旨: Eukaryotic gene transcription is carried out by three RNA polymerases: Pol I, Pol II and Pol III. Although it has long been known that Pol I can form homodimers, it is unclear whether and how the two ...Eukaryotic gene transcription is carried out by three RNA polymerases: Pol I, Pol II and Pol III. Although it has long been known that Pol I can form homodimers, it is unclear whether and how the two other RNA polymerases dimerize. Here we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a mammalian Pol II dimer at 3.5 Å resolution. The structure differs from the Pol I dimer and reveals that one Pol II copy uses its RPB4-RPB7 stalk to penetrate the active centre cleft of the other copy, and vice versa, giving rise to a molecular handshake. The polymerase clamp domain is displaced and mobile, and the RPB7 oligonucleotide-binding fold mimics the DNA-RNA hybrid that occupies the cleft during active transcription. The Pol II dimer is incompatible with nucleic acid binding as required for transcription and may represent an inactive storage form of the polymerase. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ozp.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ozp.ent.gz | 982.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ozp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ozp_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ozp_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ozp_validation.xml.gz | 177.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ozp_validation.cif.gz | 268.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 14分子 AMBNCOEQFRGSIU
#1: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481DF93 #5: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 #6: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 #7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9 #9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
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-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 4分子 DPLX
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 #12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
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-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 4分子 HTJV
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2 #10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7K6NXI9 |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 12分子 KW
#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25 #13: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA Polymerase II dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41379 / 対称性のタイプ: POINT |