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- PDB-7ozl: CryoEM structure of human enterovirus 70 in complex with WIN51711 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ozl
タイトルCryoEM structure of human enterovirus 70 in complex with WIN51711
要素(Capsid protein ...) x 4
キーワードVIRUS / enterovirus / WIN51711 / human enterovirus / accute hemorrhagic conjunctivitis
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W71 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus 70 (エンテロウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Fuzik, T. / Plevka, P. / Moravcova, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech RepublicGX19-25982X チェコ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Structure of Human Enterovirus 70 and Its Inhibition by Capsid-Binding Compounds.
著者: Tibor Füzik / Jana Moravcová / Sergei Kalynych / Pavel Plevka /
要旨: Enterovirus 70 (EV70) is a human pathogen belonging to the family . EV70 is transmitted by eye secretions and causes acute hemorrhagic conjunctivitis, a serious eye disease. Despite the severity of ...Enterovirus 70 (EV70) is a human pathogen belonging to the family . EV70 is transmitted by eye secretions and causes acute hemorrhagic conjunctivitis, a serious eye disease. Despite the severity of the disease caused by EV70, its structure is unknown. Here, we present the structures of the EV70 virion, altered particle, and empty capsid determined by cryo-electron microscopy. The capsid of EV70 is composed of the subunits VP1, VP2, VP3, and VP4. The partially collapsed hydrophobic pocket located in VP1 of the EV70 virion is not occupied by a pocket factor, which is commonly present in other enteroviruses. Nevertheless, we show that the pocket can be targeted by the antiviral compounds WIN51711 and pleconaril, which block virus infection. The inhibitors prevent genome release by stabilizing EV70 particles. Knowledge of the structures of complexes of EV70 with inhibitors will enable the development of capsid-binding therapeutics against this virus. Globally distributed enterovirus 70 (EV70) causes local outbreaks of acute hemorrhagic conjunctivitis. The discharge from infected eyes enables the high-efficiency transmission of EV70 in overcrowded areas with low hygienic standards. Currently, only symptomatic treatments are available. We determined the structures of EV70 in its native form, the genome release intermediate, and the empty capsid resulting from genome release. Furthermore, we elucidated the structures of EV70 in complex with two inhibitors that block virus infection, and we describe the mechanism of their binding to the virus capsid. These results enable the development of therapeutics against EV70.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7625
ポリマ－95,4194
非ポリマー3421
水1,24369
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,745,693300
ポリマ－5,725,147240
非ポリマー20,54660
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
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要素

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Capsid protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 33978.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
細胞株: hTERT RPE1 / 株: J670/71 / 参照: UniProt: P32537
#2: タンパク質 Capsid protein VP2


分子量: 27536.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
細胞株: hTERT RPE1 / 株: J670/71 / 参照: UniProt: P32537
#3: タンパク質 Capsid protein VP3


分子量: 26717.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
細胞株: hTERT RPE1 / 株: J670/71 / 参照: UniProt: P32537
#4: タンパク質 Capsid protein VP4


分子量: 7186.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
細胞株: hTERT RPE1 / 株: J670/71 / 参照: UniProt: P32537

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非ポリマー , 2種, 70分子

#5: 化合物 ChemComp-W71 / 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE / COMPOUND IV / ジソキサリル


分子量: 342.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human enterovirus 70 (strain J670/71) / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量値: 5.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human enterovirus 70 (strain J670/71) (エンテロウイルス)
株: J670/71
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻名称: Capsid / 直径: 330 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2581
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 16 / 利用したフレーム数/画像: 1-16

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU1.8画像取得
4GctfCTF補正CTF estimation
5RELION3.1CTF補正CTF refinemnt, correction
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
16REFMACモデル精密化
画像処理詳細: Movie frames motion corrected (MotionCor 2)
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 28058 / 詳細: autopicking
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17054 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 42 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 2.74→339.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.803 / SU B: 9.884 / SU ML: 0.184 / ESU R: 0.125
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.31778 --
obs0.31778 338278 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.095 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 6455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0140.0136545
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0350.0176101
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6221.6448915
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg2.2431.5714056
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.15815
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg34.06823.087311
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.371151048
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.5411530
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.090.2888
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.027450
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0170.021510
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it29.7372.6713272
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other29.7422.6693271
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it34.2954.3524083
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other34.2934.3554084
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it37.3364.0613273
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other37.3314.0613274
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other43.385.4014833
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined50.22450.6487102
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other50.2250.6477103
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.569 24910 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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