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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ott | ||||||
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タイトル | Metabolon-embedded pyruvate dehydrogenase complex E2 core at near-atomic resolution | ||||||
要素 | Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / pyruvate / dehydrogenase / complex / e2 / core / c.thermophilum / metabolon | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase complex / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | ||||||
データ登録者 | Tueting, C. / Kastritis, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM snapshots of a native lysate provide structural insights into a metabolon-embedded transacetylase reaction. 著者: Christian Tüting / Fotis L Kyrilis / Johannes Müller / Marija Sorokina / Ioannis Skalidis / Farzad Hamdi / Yashar Sadian / Panagiotis L Kastritis / 要旨: Found across all kingdoms of life, 2-keto acid dehydrogenase complexes possess prominent metabolic roles and form major regulatory sites. Although their component structures are known, their higher- ...Found across all kingdoms of life, 2-keto acid dehydrogenase complexes possess prominent metabolic roles and form major regulatory sites. Although their component structures are known, their higher-order organization is highly heterogeneous, not only across species or tissues but also even within a single cell. Here, we report a cryo-EM structure of the fully active Chaetomium thermophilum pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) core scaffold at 3.85 Å resolution (FSC = 0.143) from native cell extracts. By combining cryo-EM with macromolecular docking and molecular dynamics simulations, we resolve all PDHc core scaffold interfaces and dissect the residing transacetylase reaction. Electrostatics attract the lipoyl domain to the transacetylase active site and stabilize the coenzyme A, while apolar interactions position the lipoate in its binding cleft. Our results have direct implications on the structural determinants of the transacetylase reaction and the role of flexible regions in the context of the overall 10 MDa PDHc metabolon architecture. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ott.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ott.ent.gz | 36.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ott.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ott_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ott_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ott_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ott_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ott ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ott | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13066MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10892 (タイトル: Cryo-EM SPA dataset of Megadalton-range protein communities from a Chaetomium thermophilum native cell extract Data size: 1.1 TB Data #1: Unaligned fractions saved by Falcon 3 EC camera [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48777.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 参照: UniProt: G0S4X6, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Metabolon-embedded pyruvate dehydrogenase complex E2 core at near-atomic resolution タイプ: COMPLEX 詳細: Icosahedrally symmetrized E2 core component of the pyruvate dehydrogenase complex metabolon from the thermophilic fungus Chaetomium thermophilum Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Buffer was freshly made from solid ammonium acetate, filtrated, and degassed by ultrasonication. |
緩衝液成分 | 濃度: 200 mM / 名称: Ammonium ethanoate / 式: C2H7NO2 |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 92000 X / 倍率(補正後): 95677 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 103.15 K / 最低温度: 77.15 K / Residual tilt: 14.7 mradians |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2808 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 296779 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10249 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: The initial model was fitted using ChimeraX and then subsequently refined using iterative cycles of manual refinement using Coot and automatic Real-space refinement using PHENIX. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7BGJ PDB chain-ID: A / Accession code: 7BGJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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