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- PDB-7os2: Cryo-EM structure of Brr2 in complex with Jab1/MPN and C9ORF78 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7os2
タイトルCryo-EM structure of Brr2 in complex with Jab1/MPN and C9ORF78
要素
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Telomere length and silencing protein 1 homolog
  • U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
キーワードSPLICING / mRNA Splicing / Spliceosomal Assembly / Splicing Regulation / Brr2 Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homologous chromosome segregation / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway ...regulation of homologous chromosome segregation / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / chromosome, centromeric region / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / chromosome segregation / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / RNA helicase activity / RNA helicase / nuclear speck / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Telomere length and silencing protein 1 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease ...Telomere length and silencing protein 1 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Splicing factor C9orf78
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Bergfort, A. / Hilal, T. / Weber, G. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)TRR186-A15 ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: The intrinsically disordered TSSC4 protein acts as a helicase inhibitor, placeholder and multi-interaction coordinator during snRNP assembly and recycling.
著者: Alexandra Bergfort / Tarek Hilal / Benno Kuropka / İbrahim Avşar Ilik / Gert Weber / Tuğçe Aktaş / Christian Freund / Markus C Wahl /
要旨: Biogenesis of spliceosomal small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) and their recycling after splicing require numerous assembly/recycling factors whose modes of action are often poorly understood. ...Biogenesis of spliceosomal small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) and their recycling after splicing require numerous assembly/recycling factors whose modes of action are often poorly understood. The intrinsically disordered TSSC4 protein has been identified as a nuclear-localized U5 snRNP and U4/U6-U5 tri-snRNP assembly/recycling factor, but how TSSC4's intrinsic disorder supports TSSC4 functions remains unknown. Using diverse interaction assays and cryogenic electron microscopy-based structural analysis, we show that TSSC4 employs four conserved, non-contiguous regions to bind the PRPF8 Jab1/MPN domain and the SNRNP200 helicase at functionally important sites. It thereby inhibits SNRNP200 helicase activity, spatially aligns the proteins, coordinates formation of a U5 sub-module and transiently blocks premature interaction of SNRNP200 with at least three other spliceosomal factors. Guided by the structure, we designed a TSSC4 variant that lacks stable binding to the PRPF8 Jab1/MPN domain or SNRNP200 in vitro. Comparative immunoprecipitation/mass spectrometry from HEK293 nuclear extract revealed distinct interaction profiles of wild type TSSC4 and the variant deficient in PRPF8/SNRNP200 binding with snRNP proteins, other spliceosomal proteins as well as snRNP assembly/recycling factors and chaperones. Our findings elucidate molecular strategies employed by an intrinsically disordered protein to promote snRNP assembly, and suggest multiple TSSC4-dependent stages during snRNP assembly/recycling.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...著者: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D.
履歴
登録2021年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
C: Telomere length and silencing protein 1 homolog
J: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,7283
ポリマ－264,7283
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9890 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area83500 Å2

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要素

#1: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase


分子量: 198785.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#2: タンパク質 Telomere length and silencing protein 1 homolog


分子量: 34081.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C9orf78 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZ63
#3: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量: 31860.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P2Q9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Trimeric complex of Brr2, the Jab1/MPN domain of Prp8 and a N-terminal fragment of C9ORF78COMPLEXall0RECOMBINANT
2U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase (Brr2)COMPLEX#11RECOMBINANT
3Telomere length and silencing protein 1 homolog (C9ORF78)COMPLEX#21RECOMBINANT
4Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 (Prp8) Jab1/MPN DomainCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID単位実験値
11KILODALTONS/NANOMETERNO
21MEGADALTONSNO
31MEGADALTONSNO
41MEGADALTONSNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5160

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU2.1画像取得
4cryoSPARC3.1CTF補正
7PHENIX1.19.2モデルフィッティングDock in Map
9PHENIX1.19.2モデル精密化Real space Refinement
10cryoSPARC3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.1分類
13cryoSPARC3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 936716
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 370493 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 102 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: CC, R.m.s.d. Bonds / Angles
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 4KIT / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 4KIT

4kit

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1B
2C
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 101.73 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005416847
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.552122830
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442562
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00432933
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.08256362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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