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万見
- PDB-7orm: La Crosse virus polymerase at transcription early-elongation stage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7orm
タイトルLa Crosse virus polymerase at transcription early-elongation stage
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*A)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Bunyavirus La Crosse (ウイルス)
La Crosse virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Arragain, B. / Durieux Trouilleton, Q. / Baudin, F. / Cusack, S. / Schoehn, G. / Malet, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural snapshots of La Crosse virus polymerase reveal the mechanisms underlying Peribunyaviridae replication and transcription.
著者: Benoît Arragain / Quentin Durieux Trouilleton / Florence Baudin / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack / Guy Schoehn / Hélène Malet /
要旨: Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse ...Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse virus polymerase and visualize its conformational dynamics by cryo-electron microscopy, unveiling the precise molecular mechanics underlying its essential activities. We find that replication initiation is coupled to distal duplex promoter formation, endonuclease movement, prime-and-realign loop extension and closure of the polymerase core that direct the template towards the active site. Transcription initiation depends on C-terminal region closure and endonuclease movements that prompt primer cleavage prior to primer entry in the active site. Product realignment after priming, observed in replication and transcription, is triggered by the prime-and-realign loop. Switch to elongation results in polymerase reorganization and core region opening to facilitate template-product duplex formation in the active site cavity. The uncovered detailed mechanics should be helpful for the future design of antivirals counteracting bunyaviral life threatening pathogens.
履歴
登録2021年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13042
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
P: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*A)-3')
A: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,6086
ポリマ－284,5184
非ポリマー902
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10570 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area89050 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 HTP

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')


分子量: 5466.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 5prime vRNA of La Crosse M segment. Nucleotides G2, U3, A9 and C10 were mutated into C2, G3, C9 and G10
由来: (合成) La Crosse virus (ウイルス)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*GP*UP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')


分子量: 7882.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) La Crosse virus (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*UP*GP*UP*A)-3')


分子量: 6417.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) La Crosse virus (ウイルス)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 264751.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bunyavirus La Crosse (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Hi 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: La Crosse virus polymerase at transcription early elongation
タイプ: COMPLEX
詳細: La Crosse virus polymerase at transcription early elongation stage in complex with the 5prime promoter, the 3prime promoter and template and the capped product RNA formed
Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.287 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: La Crosse virus (ウイルス)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
35 mMbeta-mercaptoethanol1
4100 uMATP1
5100 uMGTP1
6100 uMUTP1
75 mMMgCl21
試料濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 1.3 uM LACV-LCItag_H34K were sequentially incubated for 1h at 4 degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm and 3.9 uM commercial 14-mer capped primer, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-25. LACV-LCItag_ ...詳細: 1.3 uM LACV-LCItag_H34K were sequentially incubated for 1h at 4 degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm and 3.9 uM commercial 14-mer capped primer, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-25. LACV-LCItag_H34K bound to vRNAs and capped primer was incubated with 100 uM ATP/GTP/UTP and 2mM MgCl2 for 1h at 30 degree.
試料支持詳細: 25mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 倍率（補正後）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 6.6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2524
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 3-50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3CTF補正Patch CTP estimation
7Coot0.9.2モデルフィッティング
9cryoSPARC3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1453172
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229480 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 61.26 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6Z8K

6z8k


PDB chain-ID: A / Accession code: 6Z8K / Pdb chain residue range: 1-2263 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00218969
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4825797
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.4342872
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392907
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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