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万見
- PDB-7ori: La Crosse virus polymerase at replication late-elongation stage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ori
タイトルLa Crosse virus polymerase at replication late-elongation stage
要素
  • La Crosse virus polymerase
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*UP*AP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*GP*UP*U)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Arragain, B. / Durieux Trouilleton, Q. / Baudin, F. / Cusack, S. / Schoehn, G. / Malet, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural snapshots of La Crosse virus polymerase reveal the mechanisms underlying Peribunyaviridae replication and transcription.
著者: Benoît Arragain / Quentin Durieux Trouilleton / Florence Baudin / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack / Guy Schoehn / Hélène Malet /
要旨: Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse ...Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse virus polymerase and visualize its conformational dynamics by cryo-electron microscopy, unveiling the precise molecular mechanics underlying its essential activities. We find that replication initiation is coupled to distal duplex promoter formation, endonuclease movement, prime-and-realign loop extension and closure of the polymerase core that direct the template towards the active site. Transcription initiation depends on C-terminal region closure and endonuclease movements that prompt primer cleavage prior to primer entry in the active site. Product realignment after priming, observed in replication and transcription, is triggered by the prime-and-realign loop. Switch to elongation results in polymerase reorganization and core region opening to facilitate template-product duplex formation in the active site cavity. The uncovered detailed mechanics should be helpful for the future design of antivirals counteracting bunyaviral life threatening pathogens.
履歴
登録2021年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*U)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')
P: RNA (5'-R(P*AP*UP*AP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*GP*UP*U)-3')
A: La Crosse virus polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,6047
ポリマ－289,3394
非ポリマー2663
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12920 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area80440 Å2

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 HTP

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*U)-3')


分子量: 5466.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: mutated 5vRNA of La Crosse virus segment M Mutation of the nucleotides G2, U3, A9 and C10 of the 5 end into C2, G3, C9 and G10
由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*U)-3')


分子量: 9497.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*UP*AP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*GP*UP*U)-3')


分子量: 9623.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Product synthetized by La Crosse virus polymerase when incubated with its 5 RNA promoter, RNA template and nucleotides.
由来: (天然) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 La Crosse virus polymerase


分子量: 264751.062 Da / 分子数: 1 / Mutation: H34K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
遺伝子: L segment / 細胞株 (発現宿主): Hi 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1La Crosse virus polymerase at late elongation stageCOMPLEXLa Crosse virus polymerase at late elongation stage in complex with the 5prime promoter, the 3prime promoter and template, nucleotides and the product RNA formed#1-#40MULTIPLE SOURCES
2RNACOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#31NATURAL
4La Crosse virus polymeraseCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 0.291 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)2560547
23La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)2560547
34La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)2560547
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12synthetic construct (人工物)32630
24Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
35 mMbeta-mercaptoethanol1
4100 uMATP1
5100 uMGTP1
6100 uMCTP1
7100 uMUTP1
85 mMMgCl21
試料濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 1.7 uM LACV-LCItag_H34K were sequentially incubated for 1h at 4degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-30. LACV-LCItag_H34K bound to vRNAs was incubated with 100 uM ...詳細: 1.7 uM LACV-LCItag_H34K were sequentially incubated for 1h at 4degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-30. LACV-LCItag_H34K bound to vRNAs was incubated with 100 uM ATP/GTP/UTP/CTP and 5mM MgCl2 for 4h at 30degree
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 倍率（補正後）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 6.6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1848
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 3-50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3CTF補正Patch CTP estimation
7Coot0.9.2モデルフィッティング
9cryoSPARC3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1200554
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24151 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 109.75 / プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 6Z8K

6z8k


PDB chain-ID: A / Accession code: 6Z8K / Pdb chain residue range: 1-2263 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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