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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ope | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RqcH DR variant bound to 50S-peptidyl-tRNA-RqcP RQC complex (rigid body refinement) | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / RQC / ribosome-associated quality control / RqcP / RqcH / Peptidyl-tRNA / Large ribosomal subunit | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Crowe-McAuliffe, C. / Wilson, D.N. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, ドイツ, Estonia, 7件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: RqcH and RqcP catalyze processive poly-alanine synthesis in a reconstituted ribosome-associated quality control system. 著者: Hiraku Takada / Caillan Crowe-McAuliffe / Christine Polte / Zhanna Yu Sidorova / Victoriia Murina / Gemma C Atkinson / Andrey L Konevega / Zoya Ignatova / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk / 要旨: In the cell, stalled ribosomes are rescued through ribosome-associated protein quality-control (RQC) pathways. After splitting of the stalled ribosome, a C-terminal polyalanine 'tail' is added to the ...In the cell, stalled ribosomes are rescued through ribosome-associated protein quality-control (RQC) pathways. After splitting of the stalled ribosome, a C-terminal polyalanine 'tail' is added to the unfinished polypeptide attached to the tRNA on the 50S ribosomal subunit. In Bacillus subtilis, polyalanine tailing is catalyzed by the NEMF family protein RqcH, in cooperation with RqcP. However, the mechanistic details of this process remain unclear. Here we demonstrate that RqcH is responsible for tRNAAla selection during RQC elongation, whereas RqcP lacks any tRNA specificity. The ribosomal protein uL11 is crucial for RqcH, but not RqcP, recruitment to the 50S subunit, and B. subtilis lacking uL11 are RQC-deficient. Through mutational mapping, we identify critical residues within RqcH and RqcP that are important for interaction with the P-site tRNA and/or the 50S subunit. Additionally, we have reconstituted polyalanine-tailing in vitro and can demonstrate that RqcH and RqcP are necessary and sufficient for processivity in a minimal system. Moreover, the in vitro reconstituted system recapitulates our in vivo findings by reproducing the importance of conserved residues of RqcH and RqcP for functionality. Collectively, our findings provide mechanistic insight into the role of RqcH and RqcP in the bacterial RQC pathway. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ope.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ope.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ope.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ope_validation.pdf.gz | 453.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ope_full_validation.pdf.gz | 575.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ope_validation.xml.gz | 110 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ope_validation.cif.gz | 188.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/7ope ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/7ope | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13017MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10726 (タイトル: Affinity-purified RqcH-DR-ribosome-associated quality control complexes from Bacillus subtilis Data size: 213.5 Data #1: Unaligned multiframe micrographs of RqcH-DR-mutant immunoprecipitation [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AB2
#1: RNA鎖 | 分子量: 949010.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: GenBank: CP053102.1 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: GenBank: CP053102.1 |
#22: RNA鎖 | 分子量: 24491.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 EFGHIKLNOPQRSTUVWXYabcdfghij
-タンパク質 , 2種, 2分子 10
#32: タンパク質 | 分子量: 9737.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: P37557 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 68480.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: rqcH, HIR78_08560 発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: A0A6M4JI41 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RQC complex consisting of 50S large ribosomal subunit, peptidyl-tRNA, RqcP, and DR-variant RqcH タイプ: RIBOSOME 詳細: Generated by immunoprecipitation of RqcH DR variant. Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 34.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2510 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 145631 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16700 / 対称性のタイプ: POINT |