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万見
- PDB-7oi3: Cryo-EM structure of the Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oi3
タイトルCryo-EM structure of the Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex
要素
  • Cetacean morbillivirus nucleoprotein
  • poly-A 6-mer
キーワードVIRAL PROTEIN / Cetacean morbillivirus / nucleocapsid / RNA virus replication / cryo-electron microscopy / helical reconstruction / single particle analysis
機能・相同性Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / RNA / Nucleocapsid
機能・相同性情報
生物種Morbillivirus sp. (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Zinzula, L. / Beck, F. / Klumpe, S. / Bohn, S. / Pfeifer, G. / Bollschweiler, D. / Nagy, I. / Plitzko, J.M. / Baumeister, W.
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complex.
著者: Luca Zinzula / Florian Beck / Sven Klumpe / Stefan Bohn / Günter Pfeifer / Daniel Bollschweiler / István Nagy / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister /
要旨: Cetacean morbillivirus (CeMV) is an emerging and highly infectious paramyxovirus that causes outbreaks in cetaceans and occasionally in pinnipeds, representing a major threat to biodiversity and ...Cetacean morbillivirus (CeMV) is an emerging and highly infectious paramyxovirus that causes outbreaks in cetaceans and occasionally in pinnipeds, representing a major threat to biodiversity and conservation of endangered marine mammal populations in both hemispheres. As for all non-segmented, negative-sense, single-stranded RNA (ssRNA) viruses, the morbilliviral genome is enwrapped by thousands of nucleoprotein (N) protomers. Each bound to six ribonucleotides, N protomers assemble to form a helical ribonucleoprotein (RNP) complex that serves as scaffold for nucleocapsid formation and as template for viral replication and transcription. While the molecular details on RNP complexes elucidated in human measles virus (MeV) served as paradigm model for these processes in all members of the Morbillivirus genus, no structural information has been obtained from other morbilliviruses, nor has any CeMV structure been solved so far. We report the structure of the CeMV RNP complex, reconstituted in vitro upon binding of recombinant CeMV N to poly-adenine ssRNA hexamers and solved to 4.0 Å resolution by cryo-electron microscopy. In spite of the amino acid sequence similarity and consequently similar folding of the N protomer, the CeMV RNP complex exhibits different helical parameters as compared to previously reported MeV orthologs. The CeMV structure reveals exclusive interactions leading to more extensive protomer-RNA and protomer-protomer interfaces. We identified twelve residues, among those varying between CeMV strains, as putatively important for the stabilization of the RNP complex, which highlights the need to study the potential of CeMV N mutations that modulate nucleocapsid assembly to also affect viral phenotype and host adaptation.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12918
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12918
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Cetacean morbillivirus nucleoprotein
B: poly-A 6-mer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2042
ポリマ－48,2042
非ポリマー00
水00
1
E: Cetacean morbillivirus nucleoprotein
B: poly-A 6-mer
x 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)723,05930
ポリマ－723,05930
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation14

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要素

#1: タンパク質 Cetacean morbillivirus nucleoprotein


分子量: 46273.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Morbillivirus sp. (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I9RYK9
#2: RNA鎖 poly-A 6-mer


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Morbillivirus sp. (ウイルス) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cetacean morbillivirus nucleoprotein-RNA complexCOMPLEXall0RECOMBINANT
2Cetacean morbillivirus nucleoproteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3poly-A 6-merCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Morbillivirus sp. (ウイルス)2078987
33Morbillivirus sp. (ウイルス)2078987
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
33Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium chlorideNaCl1
220 mMTris1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3153

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
3Latitude画像取得
5CTFFINDCTF補正
11RELION初期オイラー角割当
14RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 28.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31361 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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