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万見
- PDB-7oci: Cryo-EM structure of yeast Ost6p containing oligosaccharyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oci
タイトルCryo-EM structure of yeast Ost6p containing oligosaccharyltransferase complex
要素(Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ...) x 9
キーワードMEMBRANE PROTEIN / N-glycosylation / Yeast / Complex / Endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein-disulfide reductase activity / Neutrophil degranulation ...Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein-disulfide reductase activity / Neutrophil degranulation / post-translational protein modification / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear envelope / protein-containing complex assembly / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily ...DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Dolichylphosphate / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Wild, R. / Neuhaus, J.D. / Eyring, J. / Irobalieva, R.N. / Kowal, J. / Lin, C.W. / Locher, K.P. / Aebi, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII5_173709 スイス
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Functional analysis of Ost3p and Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferases.
要旨: The oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme in the N-glycosylation pathway. It transfers a defined oligosaccharide from a lipid-linker onto the asparagine side chain of proteins. The ...The oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme in the N-glycosylation pathway. It transfers a defined oligosaccharide from a lipid-linker onto the asparagine side chain of proteins. The yeast OST consists of eight subunits and exists in two catalytically distinct isoforms that differ in one subunit, Ost3p or Ost6p. The cryo-electron microscopy structure of the Ost6p containing complex was found to be highly similar to the Ost3p containing OST. OST enzymes with altered Ost3p/Ost6p subunits were generated and functionally analyzed. The three C-terminal transmembrane helices were responsible for the higher turnover-rate of the Ost3p vs. the Ost6p containing enzyme in vitro and the more severe hypoglycosylation in Ost3p lacking strains in vivo. Glycosylation of specific OST target sites required the N-terminal thioredoxin domain of Ost3p or Ost6p. This Ost3p/Ost6p dependence was glycosylation site but not protein specific. We concluded that the Ost3p/Ost6p subunits modulate the catalytic activity of OST and provide additional specificity for OST substrate recognition.
履歴
登録2021年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12808
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
B: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
C: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6
D: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
E: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
F: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
G: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
H: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1
I: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6 - TM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,17224
ポリマ－285,0549
非ポリマー10,11815
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area42590 Å2
ΔGint-317 kcal/mol
Surface area91450 Å2
手法PISA

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要素

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Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Oligosaccharyl transferase 64 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST1 / ...Oligosaccharyl transferase 64 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST1 / Oligosaccharyl transferase subunit alpha


分子量: 54116.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P41543, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#2: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase 16 kDa subunit / ...Oligosaccharyl transferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase 16 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit epsilon


分子量: 14712.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P46964, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#3: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6 / Oligosaccharyl transferase subunit OST6 / Oligosaccharyl transferase 37 kDa subunit / OTase 37 kDa subunit


分子量: 37921.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q03723
#4: タンパク質・ペプチド Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4 / Oligosaccharyl transferase subunit OST4 / Oligosaccharyl transferase 4 kDa subunit / OTase 4 kDa subunit


分子量: 3986.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q99380, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#5: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase 9.5 kDa subunit / ...Oligosaccharyl transferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase 9.5 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit zeta


分子量: 9525.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q92316, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#6: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Oligosaccharyl transferase subunit STT3


分子量: 81604.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P39007, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#7: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Oligosaccharyl transferase subunit WBP1 / Oligosaccharyl transferase subunit beta


分子量: 49444.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P33767, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#8: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Oligosaccharyl transferase subunit SWP1 / Oligosaccharyl transferase subunit delta


分子量: 31682.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q02795, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#9: タンパク質・ペプチド Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6 - TM1


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: alpha-helix modelled as poly-UNK
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase

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糖 , 3種, 5分子

#10: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 10分子

#12: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / コメント: 可溶化剤*YM
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-V8K / Dolichylphosphate


分子量: 847.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H91O4P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#9 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 2.7 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 67 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELIONCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220536 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 6EZN

6ezn

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317526
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63923801
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.816186
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482714
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052920

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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