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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oan | |||||||||
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タイトル | Nanobody C5 bound to Spike | |||||||||
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![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / Spike / nanobody / high affinity | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Naismith, J.H. / Weckener, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A potent SARS-CoV-2 neutralising nanobody shows therapeutic efficacy in the Syrian golden hamster model of COVID-19. 著者: Jiandong Huo / Halina Mikolajek / Audrey Le Bas / Jordan J Clark / Parul Sharma / Anja Kipar / Joshua Dormon / Chelsea Norman / Miriam Weckener / Daniel K Clare / Peter J Harrison / Julia A ...著者: Jiandong Huo / Halina Mikolajek / Audrey Le Bas / Jordan J Clark / Parul Sharma / Anja Kipar / Joshua Dormon / Chelsea Norman / Miriam Weckener / Daniel K Clare / Peter J Harrison / Julia A Tree / Karen R Buttigieg / Francisco J Salguero / Robert Watson / Daniel Knott / Oliver Carnell / Didier Ngabo / Michael J Elmore / Susan Fotheringham / Adam Harding / Lucile Moynié / Philip N Ward / Maud Dumoux / Tessa Prince / Yper Hall / Julian A Hiscox / Andrew Owen / William James / Miles W Carroll / James P Stewart / James H Naismith / Raymond J Owens / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: SARS-CoV-2 remains a global threat to human health particularly as escape mutants emerge. There is an unmet need for effective treatments against COVID-19 for which neutralizing single domain ...SARS-CoV-2 remains a global threat to human health particularly as escape mutants emerge. There is an unmet need for effective treatments against COVID-19 for which neutralizing single domain antibodies (nanobodies) have significant potential. Their small size and stability mean that nanobodies are compatible with respiratory administration. We report four nanobodies (C5, H3, C1, F2) engineered as homotrimers with pmolar affinity for the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein. Crystal structures show C5 and H3 overlap the ACE2 epitope, whilst C1 and F2 bind to a different epitope. Cryo Electron Microscopy shows C5 binding results in an all down arrangement of the Spike protein. C1, H3 and C5 all neutralize the Victoria strain, and the highly transmissible Alpha (B.1.1.7 first identified in Kent, UK) strain and C1 also neutralizes the Beta (B.1.35, first identified in South Africa). Administration of C5-trimer via the respiratory route showed potent therapeutic efficacy in the Syrian hamster model of COVID-19 and separately, effective prophylaxis. The molecule was similarly potent by intraperitoneal injection. #1: ![]() タイトル: A potent SARS-CoV-2 neutralising nanobody shows therapeutic efficacy in the Syrian golden hamster model of COVID-19 著者: Huo, J. / Mikolajek, H. / Le Bas, A. / Clark, J. / Sharma, P. / Kipar, A. / Dormon, J. / Norman, C. / Weckener, M. / Clare, D. / Harrison, P. / Tree, J. / Buttigieg, K. / Salguero, F. / ...著者: Huo, J. / Mikolajek, H. / Le Bas, A. / Clark, J. / Sharma, P. / Kipar, A. / Dormon, J. / Norman, C. / Weckener, M. / Clare, D. / Harrison, P. / Tree, J. / Buttigieg, K. / Salguero, F. / Watson, R. / Knott, D. / Carnell, O. / Ngabo, D. / Elmore, M. / Fotheringham, S. / Harding, A. / Ward, P. / Moynie, L. / Dumoux, M. / Hall, Y. / Hiscox, J. / Owen, A. / James, W. / Carroll, M. / Stewart, J. / Naismith, J. / Owens, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 701.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 586.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 86.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 125.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 139877.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 13907.522 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: nanobody complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: proteins produced incubated and run on grids / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Standard buffer |
緩衝液成分 | 濃度: 100 mM / 名称: Tris |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample well dispersed |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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画像処理 | 詳細: high pass filter | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 227898 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3→198.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / SU B: 15.017 / SU ML: 0.268 / ESU R: 0.392 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 119.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 28203 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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