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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o6e | |||||||||
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タイトル | 2.12 A cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis Ferritin | |||||||||
要素 | Ferritin BfrB | |||||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Iron storage / Ferroxidase / Bacterial Ferritin / Octahedral symmetry. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mtb iron assimilation by chelation / response to nitrosative stress / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding / ferrous iron binding ...Mtb iron assimilation by chelation / response to nitrosative stress / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / response to hypoxia / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Gijsbers, A. / Zhang, Y. / Gao, Y. / Peters, P.J. / Ravelli, R.B.G. | |||||||||
資金援助 | European Union, オランダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Mycobacterium tuberculosis ferritin: a suitable workhorse protein for cryo-EM development. 著者: Abril Gijsbers / Yue Zhang / Ye Gao / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli / 要旨: The use of cryo-EM continues to expand worldwide and calls for good-quality standard proteins with simple protocols for their production. Here, a straightforward expression and purification protocol ...The use of cryo-EM continues to expand worldwide and calls for good-quality standard proteins with simple protocols for their production. Here, a straightforward expression and purification protocol is presented that provides an apoferritin, bacterioferritin B (BfrB), from Mycobacterium tuberculosis with high yield and purity. A 2.12 Å resolution cryo-EM structure of BfrB is reported, showing the typical cage-like oligomer constituting of 24 monomers related by 432 symmetry. However, it also contains a unique C-terminal extension (164-181), which loops into the cage region of the shell and provides extra stability to the protein. Part of this region was ambiguous in previous crystal structures but could be built within the cryo-EM map. These findings and this protocol could serve the growing cryo-EM community in characterizing and pushing the limits of their electron microscopes and workflows. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o6e.cif.gz | 734.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o6e.ent.gz | 613.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o6e_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o6e_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7o6e_validation.xml.gz | 106.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o6e_validation.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20463.936 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: bfrB / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P9WNE5, ferroxidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium tuberculosis ferritin / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Mycobacterium tuberculosis ferritin / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.490 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C41 / プラスミド: pRSET | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 11 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Basic direct alignments were done as well as astigmatism and coma alignment using AutoCTF |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 76757 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: OTHER |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 105 K / 最低温度: 93 K |
撮影 | 平均露光時間: 1.3 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2518 詳細: Images were acquired in superresolution counting mode at a speed of 64 movies/hour and stored as tiff lzw non-gain normalised |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 249563 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: O (正8面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163568 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 28.1 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3QD8 PDB chain-ID: A / Accession code: 3QD8 / Pdb chain residue range: 10-181 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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