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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ny1 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the fungal plasma membrane proton pump Pma1 in its auto-inhibited state - hexameric assembly | ||||||||||||||||||
要素 | Plasma membrane ATPase | ||||||||||||||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT / Membrane Protein / P-Type ATPase / proton-transporting ATPase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P-type H+-exporting transporter / proton export across plasma membrane / P-type proton-exporting transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Heit, S. / Geurts, M.M.G. / Murphy, B.J. / Corey, R. / Mills, D.J. / Kuehlbrandt, W. / Bublitz, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structure of the hexameric fungal plasma membrane proton pump in its autoinhibited state. 著者: Sabine Heit / Maxwell M G Geurts / Bonnie J Murphy / Robin A Corey / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Maike Bublitz / 要旨: The fungal plasma membrane H-ATPase Pma1 is a vital enzyme, generating a proton-motive force that drives the import of essential nutrients. Autoinhibited Pma1 hexamers in the plasma membrane of ...The fungal plasma membrane H-ATPase Pma1 is a vital enzyme, generating a proton-motive force that drives the import of essential nutrients. Autoinhibited Pma1 hexamers in the plasma membrane of starving fungi are activated by glucose signaling and subsequent phosphorylation of the autoinhibitory domain. As related P-type adenosine triphosphatases (ATPases) are not known to oligomerize, the physiological relevance of Pma1 hexamers remained unknown. We have determined the structure of hexameric Pma1 from by electron cryo-microscopy at 3.3-Å resolution, elucidating the molecular basis for hexamer formation and autoinhibition and providing a basis for structure-based drug development. Coarse-grained molecular dynamics simulations in a lipid bilayer suggest lipid-mediated contacts between monomers and a substantial protein-induced membrane deformation that could act as a proton-attracting funnel. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ny1.cif.gz | 829.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ny1.ent.gz | 686.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ny1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ny1_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ny1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ny1_validation.xml.gz | 147.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ny1_validation.cif.gz | 214.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7ny1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7ny1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99984.359 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) 参照: UniProt: A0A0B0DXJ0, P-type H+-exporting transporter #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-K / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexameric assembly of the fungal plasma membrane proton pump in its auto-inhibited state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: FGSC #4761 |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59511 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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