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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ng9 | ||||||
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タイトル | Trimeric efflux pump Klebsiella TolC | ||||||
要素 | Outer membrane channel protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Efflux pump / trimer | ||||||
機能・相同性 | Type I secretion outer membrane protein, TolC / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / efflux pump complex / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / cell outer membrane / Outer membrane channel protein TolC 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella quasipneumoniae (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Webby, M.N. / Housden, N.G. / Kleanthous, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Toxin import through the antibiotic efflux channel TolC. 著者: Nicholas G Housden / Melissa N Webby / Edward D Lowe / Tarick J El-Baba / Renata Kaminska / Christina Redfield / Carol V Robinson / Colin Kleanthous / 要旨: Bacteria often secrete diffusible protein toxins (bacteriocins) to kill bystander cells during interbacterial competition. Here, we use biochemical, biophysical and structural analyses to show how a ...Bacteria often secrete diffusible protein toxins (bacteriocins) to kill bystander cells during interbacterial competition. Here, we use biochemical, biophysical and structural analyses to show how a bacteriocin exploits TolC, a major outer-membrane antibiotic efflux channel in Gram-negative bacteria, to transport itself across the outer membrane of target cells. Klebicin C (KlebC), a rRNase toxin produced by Klebsiella pneumoniae, binds TolC of a related species (K. quasipneumoniae) with high affinity through an N-terminal, elongated helical hairpin domain common amongst bacteriocins. The KlebC helical hairpin opens like a switchblade to bind TolC. A cryo-EM structure of this partially translocated state, at 3.1 Å resolution, reveals that KlebC associates along the length of the TolC channel. Thereafter, the unstructured N-terminus of KlebC protrudes beyond the TolC iris, presenting a TonB-box sequence to the periplasm. Association with proton-motive force-linked TonB in the inner membrane drives toxin import through the channel. Finally, we demonstrate that KlebC binding to TolC blocks drug efflux from bacteria. Our results indicate that TolC, in addition to its known role in antibiotic export, can function as a protein import channel for bacteriocins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ng9.cif.gz | 411.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ng9.ent.gz | 335.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ng9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ng9_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ng9_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ng9_validation.xml.gz | 43.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ng9_validation.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/7ng9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/7ng9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54058.676 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella quasipneumoniae (バクテリア) 遺伝子: tolC, CP911_05930, DBL00_17640, G5630_14450, SAMEA104168726_00630, SAMEA3531848_02756 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C3Q001 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homotrimer of TolC from klebsiella / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella quasipneumoniae (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 38 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188171 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1EK9 Accession code: 1EK9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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