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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n85 | ||||||||||||
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タイトル | Inner ring spoke from the isolated yeast NPC | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLOCASE / nuclear pore complex / inner ring / spoke | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / : / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery ...response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / : / regulation of protein desumoylation / mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / tRNA export from nucleus / nuclear pore cytoplasmic filaments / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / regulation of mitotic nuclear division / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / ribosomal small subunit export from nucleus / heterochromatin formation / nuclear pore / nuclear periphery / molecular condensate scaffold activity / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / nuclear membrane / amyloid fibril formation / cell cycle / cell division / chromatin binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||||||||
Model details | yeast Nup84 complexes in double outer ring | ||||||||||||
データ登録者 | Akey, C.W. / Rout, M.P. / Ouch, C. / Echevarria, I. / Fernandez-Martinez, J. / Nudelman, I. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Comprehensive structure and functional adaptations of the yeast nuclear pore complex. 著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / ...著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / Chen Xu / James C Gumbart / Sergey Suslov / Jay Unruh / Sue L Jaspersen / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Steven J Ludtke / Elizabeth Villa / Michael P Rout / 要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub- ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub-nanometer resolution to show how flexible connectors tie together different structural and functional layers. These connectors may be targets for phosphorylation and regulated disassembly in cells with an open mitosis. Moreover, some nucleoporin pairs and transport factors have similar interaction motifs, which suggests an evolutionary and mechanistic link between assembly and transport. We provide evidence for three major NPC variants that may foreshadow functional specializations at the nuclear periphery. Cryo-electron tomography extended these studies, providing a model of the in situ NPC with a radially expanded inner ring. Our comprehensive model reveals features of the nuclear basket and central transporter, suggests a role for the lumenal Pom152 ring in restricting dilation, and highlights structural plasticity that may be required for transport. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n85.cif.gz | 2.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n85.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7n85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n85_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n85_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7n85_validation.xml.gz | 363.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n85_validation.cif.gz | 583.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/7n85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/7n85 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 8
2 |
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3 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C8 (8回回転対称)) |
-要素
-タンパク質 , 10種, 28分子 0Y1ZADGJBEHKCFILMONPQRSTUWVX
#1: タンパク質 | 分子量: 169651.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38181 #2: タンパク質 | 分子量: 156827.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40064 #4: タンパク質 | 分子量: 86611.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14907 #5: タンパク質 | 分子量: 57547.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48837 #6: タンパク質 | 分子量: 49174.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02199 #7: タンパク質 | 分子量: 191718.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47054 #8: タンパク質 | 分子量: 188753.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52593 #9: タンパク質 | 分子量: 96291.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34077 #10: タンパク質 | 分子量: 52688.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03790 #11: タンパク質 | 分子量: 58853.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05166 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 56
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3081.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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-詳細
構成要素の詳細 | spoke model |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: spoke from yeast inner ring / タイプ: COMPLEX 詳細: recombined inner ring from spoke multi-body and focused 3D refinements with isolated NPC Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 16.0 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞内の位置: nuclear envelope | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: inner ring spoke imaged from isolated yeast NPC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 37651 X / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: 1.5x spoke from multibody and focused refinements after re-extraction of particles 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: initial spoke model from PDBDEV_00000012, rigid body dock with chimera and fitting with MDFF |