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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mxl | ||||||
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タイトル | Complex of Bet v 1 with the Fab fragments of a three antibody cocktail | ||||||
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![]() | ALLERGEN / COMPLEX / ANTIBODY / BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Romero-Hernandez, A. / Franklin, M.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Targeting immunodominant Bet v 1 epitopes with monoclonal antibodies prevents the birch allergic response. 著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / ...著者: Amanda Atanasio / Matthew C Franklin / Vishal Kamat / Annabel Romero Hernandez / Ashok Badithe / Li-Hong Ben / Jennifer Jones / Joannie Bautista / George D Yancopoulos / William Olson / Andrew J Murphy / Matthew A Sleeman / Jamie M Orengo 要旨: BACKGROUND: Blocking the major cat allergen, Fel d 1, with mAbs was effective in preventing an acute cat allergic response. OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein ...OBJECTIVES: This study sought to extend the allergen-specific antibody approach and demonstrate that a combination of mAbs targeting Bet v 1, the immunodominant and most abundant allergenic protein in birch pollen, can prevent the birch allergic response. 手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy ...手法: Bet v 1-specific mAbs, REGN5713, REGN5714, and REGN5715, were isolated using the VelocImmune platform. Surface plasmon resonance, x-ray crystallography, and cryo-electron microscopy determined binding kinetics and structural data. Inhibition of IgE-binding, basophil activation, and mast cell degranulation were assessed via blocking ELISA, flow cytometry, and the passive cutaneous anaphylaxis mouse model. RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- ...RESULTS: REGN5713, REGN5714, and REGN5715 bind with high affinity and noncompetitively to Bet v 1. A cocktail of all 3 antibodies, REGN5713/14/15, blocks IgE binding to Bet v 1 and inhibits Bet v 1- and birch pollen extract-induced basophil activation ex vivo and mast cell degranulation in vivo. Crystal structures of the complex of Bet v 1 with immunoglobulin antigen-binding fragments of REGN5713 or REGN5715 show distinct interaction sites on Bet v 1. Cryo-electron microscopy reveals a planar and roughly symmetrical complex formed by REGN5713/14/15 bound to Bet v 1. CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous ...CONCLUSIONS: These data confirm the immunodominance of Bet v 1 in birch allergy and demonstrate blockade of the birch allergic response with REGN5713/14/15. Structural analyses show simultaneous binding of REGN5713, REGN5714, and REGN5715 with substantial areas of Bet v 1 exposed, suggesting that targeting specific epitopes is sufficient to block the allergic response. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 203 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 813.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 833 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 17592.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-抗体 , 6種, 6分子 ABJKLH
#1: 抗体 | 分子量: 23560.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23534.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 抗体 | 分子量: 24322.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: 抗体 | 分子量: 23446.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: 抗体 | 分子量: 23341.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#7: 抗体 | 分子量: 23915.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149585 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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