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- PDB-7moq: The structure of the Tetrahymena thermophila outer dynein arm on ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7moq
タイトルThe structure of the Tetrahymena thermophila outer dynein arm on doublet microtubule
要素
  • (Docking complex ...) x 2
  • (Dynein light ...) x 10
  • (Outer dynein arm docking complex protein oda ...) x 2
  • Dynein heavy chain, outer arm protein
  • Dynein intermediate chain 2
  • Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative
  • Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
  • Outer arm dynein beta heavy chain
  • Thioredoxin
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / doublet / axoneme / outer dynein arm / dynein
機能・相同性
機能・相同性情報


outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex ...outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / axonemal dynein complex / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / motile cilium / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / microtubule-based process / protein-disulfide reductase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / cilium / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / centrosome / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Outer dynein arm-docking complex subunit 3 / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 ...Outer dynein arm-docking complex subunit 3 / Kelch motif / Galactose oxidase, central domain / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Thioredoxin / IPT/TIG domain / Kelch-type beta propeller / ig-like, plexins, transcription factors / Thioredoxin / IPT domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Thioredoxin domain profile. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Thioredoxin domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / Immunoglobulin E-set / Thioredoxin-like superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Dynein light chain tctex-type 1 protein / Dynein intermediate chain 2 / EF hand protein / Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative / Outer arm dynein beta heavy chain / Dynein light chain roadblock-type 2 protein ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Dynein light chain tctex-type 1 protein / Dynein intermediate chain 2 / EF hand protein / Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative / Outer arm dynein beta heavy chain / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain / Thioredoxin / Dynein light chain 2A / Dynein heavy chain, outer arm protein / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Dynein light chain / Uncharacterized protein / Outer dynein arm docking complex protein oda protein / Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative / Dynein light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Kubo, S. / Yang, S.K. / Ichikawa, M. / Bui, K.H.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04954 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-156354 カナダ
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2021
タイトル: Remodeling and activation mechanisms of outer arm dyneins revealed by cryo-EM.
著者: Shintaroh Kubo / Shun Kai Yang / Corbin S Black / Daniel Dai / Melissa Valente-Paterno / Jacek Gaertig / Muneyoshi Ichikawa / Khanh Huy Bui /
要旨: Cilia are thin microtubule-based protrusions of eukaryotic cells. The swimming of ciliated protists and sperm cells is propelled by the beating of cilia. Cilia propagate the flow of mucus in the ...Cilia are thin microtubule-based protrusions of eukaryotic cells. The swimming of ciliated protists and sperm cells is propelled by the beating of cilia. Cilia propagate the flow of mucus in the trachea and protect the human body from viral infections. The main force generators of ciliary beating are the outer dynein arms (ODAs) which attach to the doublet microtubules. The bending of cilia is driven by the ODAs' conformational changes caused by ATP hydrolysis. Here, we report the native ODA complex structure attaching to the doublet microtubule by cryo-electron microscopy. The structure reveals how the ODA complex is attached to the doublet microtubule via the docking complex in its native state. Combined with coarse-grained molecular dynamic simulations, we present a model of how the attachment of the ODA to the doublet microtubule induces remodeling and activation of the ODA complex.
履歴
登録2021年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23926
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23926
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative
B: Outer arm dynein beta heavy chain
C: Dynein heavy chain, outer arm protein
D: Dynein intermediate chain 2
E: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
F: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
G: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
H: Dynein light chain
I: Dynein light chain
J: Dynein light chain
K: Dynein light chain
L: Dynein light chain
M: Dynein light chain
N: Dynein light chain 2A
O: Dynein light chain tctex-type 1 protein
P: Thioredoxin
Q: Tubulin beta chain
R: Tubulin alpha chain
S: Tubulin alpha chain
T: Outer dynein arm docking complex protein oda protein
U: Tubulin beta chain
V: Docking complex 1/2 protein
W: Tubulin alpha chain
X: Docking complex 1 protein
Y: Tubulin beta chain
Z: Outer dynein arm docking complex protein oda protein
d: Dynein intermediate chain 2
e: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
s: Tubulin alpha chain
u: Tubulin beta chain
r: Tubulin alpha chain
q: Tubulin beta chain
w: Tubulin alpha chain
y: Tubulin beta chain
x: Docking complex 1/2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,783,90156
ポリマ－2,776,59535
非ポリマー7,30621
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 19分子 ACDdEePQUYuqyRSWsrw

#1: タンパク質 Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative


分子量: 475554.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: I7M6H4
#3: タンパク質 Dynein heavy chain, outer arm protein


分子量: 534328.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q22A67
#4: タンパク質 Dynein intermediate chain 2


分子量: 77888.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: I7M008
#5: タンパク質 Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative


分子量: 77178.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q23FU1
#16: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 12855.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q1HFX5
#17: タンパク質
Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 49617.676 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: P41352
#18: タンパク質
Tubulin alpha chain / Alpha-tubulin


分子量: 49639.035 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: P41351

-
Dynein light ... , 10種, 10分子 FGHIJKLMNO

#6: タンパク質 Dynein light chain roadblock-type 2 protein


分子量: 14751.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: I7MHB1
#7: タンパク質 Dynein light chain roadblock-type 2 protein


分子量: 18490.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q22MV2
#8: タンパク質 Dynein light chain


分子量: 10780.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q1HFW2
#9: タンパク質 Dynein light chain


分子量: 12348.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q1HFX0
#10: タンパク質 Dynein light chain


分子量: 10973.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q1HFV9
#11: タンパク質 Dynein light chain


分子量: 13336.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q22R86
#12: タンパク質 Dynein light chain


分子量: 12516.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: W7XJB1
#13: タンパク質 Dynein light chain


分子量: 10453.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q1HFW0
#14: タンパク質 Dynein light chain 2A


分子量: 15608.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q1HGH8
#15: タンパク質 Dynein light chain tctex-type 1 protein


分子量: 13202.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: A4VEB3

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Outer dynein arm docking complex protein oda ... , 2種, 2分子 TZ

#19: タンパク質 Outer dynein arm docking complex protein oda protein


分子量: 35237.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: I7M2C6
#22: タンパク質 Outer dynein arm docking complex protein oda protein


分子量: 63455.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q233H6

-
Docking complex ... , 2種, 3分子 VxX

#20: タンパク質 Docking complex 1/2 protein


分子量: 11081.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428
#21: タンパク質 Docking complex 1 protein


分子量: 64756.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: CU428 / 参照: UniProt: Q22T00

-
抗体 , 1種, 1分子 B

#2: 抗体 Outer arm dynein beta heavy chain


分子量: 530111.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物)
株: SB715 / 参照: UniProt: I7M9J2

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#23: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#24: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#25: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#26: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#27: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Outer dynein arm complex from Tetrahymena thermophila
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL
分子量値: 2 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila CU428 (真核生物) / 株: CU428 / 細胞内の位置: cilia / Organelle: cilia
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot force 3 for 5 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3699: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8画像取得
4RELION3CTF補正
7UCSF Chimera1モデルフィッティング
9SPIDER19.02初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11FREALIGN9.03最終オイラー角割当
12FREALIGN9.03分類
13RELION3３次元再構成
14Coot0.8.7モデル精密化
15PHENIX1.9モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139548 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 179 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006132552
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.888179275
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.19617676
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0519867
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00523039

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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