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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mep | ||||||
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タイトル | BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the monoclonal antibodies Rh.33172 mAb.1 and RM19R | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Immune complex / monoclonal antibodies / HIV-1 / BG505 SOSIP | ||||||
生物種 | Macaca mulatta (アカゲザル) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Antanasijevic, A. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: From structure to sequence: Antibody discovery using cryoEM. 著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Charles A Bowman / Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Amit A Upadhyay / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo / Leigh M Sewall / Bartek Nogal / Fangzhu Zhao / Bettina Groschel / William R Schief / Devin Sok / Guido Silvestri / Shane Crotty / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / 要旨: One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and ...One of the rate-limiting steps in analyzing immune responses to vaccines or infections is the isolation and characterization of monoclonal antibodies. Here, we present a hybrid structural and bioinformatic approach to directly assign the heavy and light chains, identify complementarity-determining regions, and discover sequences from cryoEM density maps of serum-derived polyclonal antibodies bound to an antigen. When combined with next-generation sequencing of immune repertoires, we were able to specifically identify clonal family members, synthesize the monoclonal antibodies, and confirm that they interact with the antigen in a manner equivalent to the corresponding polyclonal antibodies. This structure-based approach for identification of monoclonal antibodies from polyclonal sera opens new avenues for analysis of immune responses and iterative vaccine design. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mep.cif.gz | 565.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mep.ent.gz | 453.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mep_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mep_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mep_validation.xml.gz | 88.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mep_validation.cif.gz | 131.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7mep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7mep | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCEDF
#3: タンパク質 | 分子量: 74987.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-抗体 , 4種, 8分子 GJKIMNHL
#1: 抗体 | 分子量: 11808.134 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 13268.667 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | | 分子量: 14306.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | | 分子量: 11477.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 66分子
#6: 多糖 | #7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS, 0.2um filtered | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse. | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blot force: 0 Wait time: 10s Blot time: 3-7s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.5 sec. / 電子線照射量: 44.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2050 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 38 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 169887 / 詳細: template picked | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35099 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6VFL |