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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m9c | ||||||
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タイトル | ADP-AlF3 bound TnsC structure in open form | ||||||
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機能・相同性 | ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, J. / Tsai, A.W.L. / Mehrotra, E. / Kellogg, E.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for target site selection in RNA-guided DNA transposition systems. 著者: Jung-Un Park / Amy Wei-Lun Tsai / Eshan Mehrotra / Michael T Petassi / Shan-Chi Hsieh / Ailong Ke / Joseph E Peters / Elizabeth H Kellogg / ![]() 要旨: CRISPR-associated transposition systems allow guide RNA-directed integration of a single DNA cargo in one orientation at a fixed distance from a programmable target sequence. We used cryo-electron ...CRISPR-associated transposition systems allow guide RNA-directed integration of a single DNA cargo in one orientation at a fixed distance from a programmable target sequence. We used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define the mechanism that underlies this process by characterizing the transposition regulator, TnsC, from a type V-K CRISPR-transposase system. In this scenario, polymerization of adenosine triphosphate-bound TnsC helical filaments could explain how polarity information is passed to the transposase. TniQ caps the TnsC filament, representing a universal mechanism for target information transfer in Tn7/Tn7-like elements. Transposase-driven disassembly establishes delivery of the element only to unused protospacers. Finally, TnsC transitions to define the fixed point of insertion, as revealed by structures with the transition state mimic ADP•AlF These mechanistic findings provide the underpinnings for engineering CRISPR-associated transposition systems for research and therapeutic applications. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 634.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 513.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31444.617 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 10604.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 10297.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | ChemComp-ADP / ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Head to Head Dimer of TnsC hexameters bound to DNA / タイプ: COMPLEX / 詳細: Reconstituted with ADP-AlF3 / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2811 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 754099 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113850 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6AZ0 Accession code: 6AZ0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |