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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m8l | |||||||||
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タイトル | EBOV GP bound to rEBOV-442 and rEBOV-515 Fabs | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ebolavirus / EBOV / antibody / antibody therapeutic / mAbs / filovirus / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / Virion spike glycoprotein / Virion spike glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ebola virus (エボラウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Murin, C.D. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Pan-ebolavirus protective therapy by two multifunctional human antibodies. 著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Robert W Cross / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Seth J Zost / Rachel S Nargi / ...著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Robert W Cross / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Seth J Zost / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Naveenchandra Suryadevara / Robin G Bombardi / Robert H Carnahan / Alexander Bukreyev / Thomas W Geisbert / Andrew B Ward / James E Crowe / 要旨: Ebolaviruses cause a severe and often fatal illness with the potential for global spread. Monoclonal antibody-based treatments that have become available recently have a narrow therapeutic spectrum ...Ebolaviruses cause a severe and often fatal illness with the potential for global spread. Monoclonal antibody-based treatments that have become available recently have a narrow therapeutic spectrum and are ineffective against ebolaviruses other than Ebola virus (EBOV), including medically important Bundibugyo (BDBV) and Sudan (SUDV) viruses. Here, we report the development of a therapeutic cocktail comprising two broadly neutralizing human antibodies, rEBOV-515 and rEBOV-442, that recognize non-overlapping sites on the ebolavirus glycoprotein (GP). Antibodies in the cocktail exhibited synergistic neutralizing activity, resisted viral escape, and possessed differing requirements for their Fc-regions for optimal in vivo activities. The cocktail protected non-human primates from ebolavirus disease caused by EBOV, BDBV, or SUDV with high therapeutic effectiveness. High-resolution structures of the cocktail antibodies in complex with GP revealed the molecular determinants for neutralization breadth and potency. This study provides advanced preclinical data to support clinical development of this cocktail for pan-ebolavirus therapy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m8l.cif.gz | 497.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m8l.ent.gz | 401.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7m8l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/7m8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/7m8l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Virion spike glycoprotein ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 34978.613 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1C4HDV6 #4: タンパク質 | 分子量: 22158.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0E3XK95 |
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-抗体 , 4種, 12分子 GHIJKLMNOPQR
#2: 抗体 | 分子量: 25179.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23715.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 24047.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #6: 抗体 | 分子量: 23528.092 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 15分子
#7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of mucin deleted Ebola virus GP (Makona variant) bound to rEBOV-442 and rEBOV-515 Fabs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21285 / 対称性のタイプ: POINT |