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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m4w | ||||||
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タイトル | A. baumannii Ribosome-Eravacycline complex: Empty 70S | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME/ANTIBIOTIC / Acinetobacter baumannii / ribosome / eravacycline / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Morgan, C.E. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM Determination of Eravacycline-Bound Structures of the Ribosome and the Multidrug Efflux Pump AdeJ of Acinetobacter baumannii. 著者: Zhemin Zhang / Christopher E Morgan / Robert A Bonomo / Edward W Yu / 要旨: Antibiotic-resistant strains of the Gram-negative pathogen Acinetobacter baumannii have emerged as a significant global health threat. One successful therapeutic option to treat bacterial infections ...Antibiotic-resistant strains of the Gram-negative pathogen Acinetobacter baumannii have emerged as a significant global health threat. One successful therapeutic option to treat bacterial infections has been to target the bacterial ribosome. However, in many cases, multidrug efflux pumps within the bacterium recognize and extrude these clinically important antibiotics designed to inhibit the protein synthesis function of the bacterial ribosome. Thus, multidrug efflux within A. baumannii and other highly drug-resistant strains is a major cause of failure of drug-based treatments of infectious diseases. We here report the first structures of the cinetobacter rug fflux (Ade)J pump in the presence of the antibiotic eravacycline, using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We also describe cryo-EM structures of the eravacycline-bound forms of the A. baumannii ribosome, including the 70S, 50S, and 30S forms. Our data indicate that the AdeJ pump primarily uses hydrophobic interactions to bind eravacycline, while the 70S ribosome utilizes electrostatic interactions to bind this drug. Our work here highlights how an antibiotic can bind multiple bacterial targets through different mechanisms and potentially enables drug optimization by taking advantage of these different modes of ligand binding. Acinetobacter baumannii has developed into a highly antibiotic-resistant Gram-negative pathogen. The prevalent AdeJ multidrug efflux pump mediates resistance to different classes of antibiotics known to inhibit the function of the 70S ribosome. Here, we report the first structures of the A. baumannii AdeJ pump, both in the absence and presence of eravacycline. We also describe structures of the A. baumannii ribosome bound by this antibiotic. Our results indicate that AdeJ and the ribosome use very distinct binding modes for drug recognition. Our work will ultimately enable structure-based drug discovery to combat antibiotic-resistant A. baumannii infection. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m4w.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m4w.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7m4w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7m4w_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7m4w_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7m4w_validation.xml.gz | 187.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7m4w_validation.cif.gz | 335.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/7m4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/7m4w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 0123CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa
#5: RNA鎖 | 分子量: 945314.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 |
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#6: RNA鎖 | 分子量: 36996.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: GenBank: 1577037162 |
#31: RNA鎖 | 分子量: 500296.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: GenBank: 1211343212 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#32: タンパク質 | 分子量: 27680.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: V5VBC2 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 27972.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: V5V9N0 |
#34: タンパク質 | 分子量: 23311.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA15 |
#35: タンパク質 | 分子量: 17181.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA22 |
#36: タンパク質 | 分子量: 14986.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IBC1 |
#37: タンパク質 | 分子量: 17733.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7S0 |
#38: タンパク質 | 分子量: 14250.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA25 |
#39: タンパク質 | 分子量: 14287.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: V5VBA5 |
#40: タンパク質 | 分子量: 11718.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A009L7S8 |
#41: タンパク質 | 分子量: 13558.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A4R0F9S8 |
#42: タンパク質 | 分子量: 13797.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7R9 |
#43: タンパク質 | 分子量: 13295.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA17 |
#44: タンパク質 | 分子量: 11438.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA26 |
#45: タンパク質 | 分子量: 10145.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I3U0 |
#46: タンパク質 | 分子量: 11223.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A1V3DIZ9 |
#47: タンパク質 | 分子量: 9543.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA30 |
#48: タンパク質 | 分子量: 9009.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A062FAE9 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10206.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA35 |
#50: タンパク質 | 分子量: 9723.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I5N9 |
#51: タンパク質 | 分子量: 8474.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 / 参照: UniProt: A0A062DNQ5 |
-非ポリマー , 4種, 992分子
#52: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#53: 化合物 | #54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: A baumannii 70S ribosome with no tRNA in complex with Eravacycline タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア) 株: AB0057 |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 最終オイラー角割当 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79574 詳細: 50S resolution = 2.55. 30S core resolution = 2.73. 30S head resolution = 2.69. 対称性のタイプ: POINT |