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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lhv | |||||||||
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タイトル | Structure of Arabidopsis thaliana sulfate transporter AtSULTR4;1 | |||||||||
要素 | Sulfate transporter 4.1, chloroplastic | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Sulfate transport / SLC26 / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / chloroplast membrane / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / symporter activity / plasma membrane => GO:0005886 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, L. / Chen, K. / Zhou, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure and function of an Arabidopsis thaliana sulfate transporter. 著者: Lie Wang / Kehan Chen / Ming Zhou / 要旨: Plant sulfate transporters (SULTR) mediate absorption and distribution of sulfate (SO) and are essential for plant growth; however, our understanding of their structures and functions remains ...Plant sulfate transporters (SULTR) mediate absorption and distribution of sulfate (SO) and are essential for plant growth; however, our understanding of their structures and functions remains inadequate. Here we present the structure of a SULTR from Arabidopsis thaliana, AtSULTR4;1, in complex with SO at an overall resolution of 2.8 Å. AtSULTR4;1 forms a homodimer and has a structural fold typical of the SLC26 family of anion transporters. The bound SO is coordinated by side-chain hydroxyls and backbone amides, and further stabilized electrostatically by the conserved Arg393 and two helix dipoles. Proton and SO are co-transported by AtSULTR4;1 and a proton gradient significantly enhances SO transport. Glu347, which is ~7 Å from the bound SO, is required for H-driven transport. The cytosolic STAS domain interacts with transmembrane domains, and deletion of the STAS domain or mutations to the interface compromises dimer formation and reduces SO transport, suggesting a regulatory function of the STAS domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lhv.cif.gz | 211.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lhv.ent.gz | 166.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lhv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lhv_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lhv_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lhv_validation.xml.gz | 44.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lhv_validation.cif.gz | 64.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75168.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SULTR4;1, At5g13550, MSH12.1, T6I14_80 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9FY46 #2: 化合物 | ChemComp-S1P / ( #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sulfate transporter 4;1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.070 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 838096 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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