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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l1r | ||||||
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タイトル | PS3 F1-ATPase Hydrolysis Dwell | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLOCASE / ATPase / ATP synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sobti, M. / Ueno, H. / Noji, H. / Stewart, A.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: The six steps of the complete F-ATPase rotary catalytic cycle. 著者: Meghna Sobti / Hiroshi Ueno / Hiroyuki Noji / Alastair G Stewart / 要旨: FF ATP synthase interchanges phosphate transfer energy and proton motive force via a rotary catalysis mechanism. Isolated F-ATPase catalytic cores can hydrolyze ATP, passing through six intermediate ...FF ATP synthase interchanges phosphate transfer energy and proton motive force via a rotary catalysis mechanism. Isolated F-ATPase catalytic cores can hydrolyze ATP, passing through six intermediate conformational states to generate rotation of their central γ-subunit. Although previous structural studies have contributed greatly to understanding rotary catalysis in the F-ATPase, the structure of an important conformational state (the binding-dwell) has remained elusive. Here, we exploit temperature and time-resolved cryo-electron microscopy to determine the structure of the binding- and catalytic-dwell states of Bacillus PS3 F-ATPase. Each state shows three catalytic β-subunits in different conformations, establishing the complete set of six states taken up during the catalytic cycle and providing molecular details for both the ATP binding and hydrolysis strokes. We also identify a potential phosphate-release tunnel that indicates how ADP and phosphate binding are coordinated during synthesis. Overall these findings provide a structural basis for the entire F-ATPase catalytic cycle. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l1r.cif.gz | 531.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l1r.ent.gz | 435.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7l1r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7l1r_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7l1r_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7l1r_validation.xml.gz | 79.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7l1r_validation.cif.gz | 122 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l1r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase subunit ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 55881.676 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain PS3) (バクテリア) 株: PS3 / 遺伝子: uncA, atpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M3VGF9, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 53410.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain PS3) (バクテリア) 株: PS3 / 遺伝子: uncD, atpD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M4U1P9, H+-transporting two-sector ATPase |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 G
#3: タンパク質 | 分子量: 31865.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain PS3) (バクテリア) 株: PS3 / 遺伝子: uncG, atpG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4TPJ7 |
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-非ポリマー , 3種, 12分子
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PS3 F1-ATPase Hydrolysis Dwell / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. (strain PS3) (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 340916 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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