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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kx9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Ephydatia fluviatilis PiwiA-piRNA-target complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNASEH / PROTEIN-RNA COMPLEX / RNA BINDING PROTEIN / PIRNA BINDING / PAZ PIWI DOMAIN PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 piRNA binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / RNA endonuclease activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ephydatia fluviatilis (カワカイメン) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Anzelon, T.A. / Chowdhury, S. / Lander, G.C. / MacRae, I.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structural basis for piRNA targeting. 著者: Todd A Anzelon / Saikat Chowdhury / Siobhan M Hughes / Yao Xiao / Gabriel C Lander / Ian J MacRae / 要旨: PIWI proteins use PIWI-interacting RNAs (piRNAs) to identify and silence transposable elements and thereby maintain genome integrity between metazoan generations. The targeting of transposable ...PIWI proteins use PIWI-interacting RNAs (piRNAs) to identify and silence transposable elements and thereby maintain genome integrity between metazoan generations. The targeting of transposable elements by PIWI has been compared to mRNA target recognition by Argonaute proteins, which use microRNA (miRNA) guides, but the extent to which piRNAs resemble miRNAs is not known. Here we present cryo-electron microscopy structures of a PIWI-piRNA complex from the sponge Ephydatia fluviatilis with and without target RNAs, and a biochemical analysis of target recognition. Mirroring Argonaute, PIWI identifies targets using the piRNA seed region. However, PIWI creates a much weaker seed so that stable target association requires further piRNA-target pairing, making piRNAs less promiscuous than miRNAs. Beyond the seed, the structure of PIWI facilitates piRNA-target pairing in a manner that is tolerant of mismatches, leading to long-lived PIWI-piRNA-target interactions that may accumulate on transposable-element transcripts. PIWI ensures targeting fidelity by physically blocking the propagation of piRNA-target interactions in the absence of faithful seed pairing, and by requiring an extended piRNA-target duplex to reach an endonucleolytically active conformation. PIWI proteins thereby minimize off-targeting cellular mRNAs while defending against evolving genomic threats. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kx9.cif.gz | 276.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kx9.ent.gz | 218.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kx9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kx9_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kx9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kx9_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kx9_validation.cif.gz | 46.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kx9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88232.594 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal 219 amino acids deleted / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ephydatia fluviatilis (カワカイメン) 遺伝子: EfPiwiA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: D5MRY8 | ||||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 7724.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#3: RNA鎖 | 分子量: 5105.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#4: 化合物 | 構成要素の詳細 | Gaps in the structure correspond to regions lacking density, that could not be confidently modeled | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.094 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 97 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Freezing was carried out in a cold room at 4 degree C and relative humidity between 95%-98%. 3.5 uL sample was applied to plasma cleaned grid and manually blotted with Whatman 1 filter paper ...詳細: Freezing was carried out in a cold room at 4 degree C and relative humidity between 95%-98%. 3.5 uL sample was applied to plasma cleaned grid and manually blotted with Whatman 1 filter paper for 5-7 sec before plunge freezing in liquid ethane at -179 degree C. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 倍率(補正後): 43478 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 79 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 47.33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1881 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 64 / 利用したフレーム数/画像: 1-64 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Beam-induced motion correction and radiation damage compensation over spatial frequencies (dose-weighting) of the raw movies, was performed using UCSF MotionCor2 implemented in the Appion. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2551046 詳細: Laplacian of Gaussian based automated particle picking program in RELION was used. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118493 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |