+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ktx | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae ER membrane protein complex bound to a Fab in DDM detergent | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ER membrane protein complex / EMC / membrane protein biogenesis / insertase / chaperone / endoplasmic / reticulum / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane ...EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
![]() | Miller-Vedam, L.E. / Schirle Oakdale, N.S. / Braeuning, B. / Boydston, E.A. / Sevillano, N. / Popova, K.D. / Bonnar, J.L. / Shurtleff, M.J. / Prabu, J.R. / Stroud, R.M. ...Miller-Vedam, L.E. / Schirle Oakdale, N.S. / Braeuning, B. / Boydston, E.A. / Sevillano, N. / Popova, K.D. / Bonnar, J.L. / Shurtleff, M.J. / Prabu, J.R. / Stroud, R.M. / Craik, C.S. / Schulman, B.A. / Weissman, J.S. / Frost, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic basis of the EMC-dependent biogenesis of distinct transmembrane clients. 著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff ...著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff / Robert M Stroud / Charles S Craik / Brenda A Schulman / Adam Frost / Jonathan S Weissman / ![]() ![]() 要旨: Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player ...Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player in this process. Yet, we have limited understanding of how EMC enables insertion and integrity of diverse clients, from tail-anchored to polytopic transmembrane proteins. Here, yeast and human EMC cryo-EM structures reveal conserved intricate assemblies and human-specific features associated with pathologies. Structure-based functional studies distinguish between two separable EMC activities, as an insertase regulating tail-anchored protein levels and a broader role in polytopic membrane protein biogenesis. These depend on mechanistically coupled yet spatially distinct regions including two lipid-accessible membrane cavities which confer client-specific regulation, and a non-insertase EMC function mediated by the EMC lumenal domain. Our studies illuminate the structural and mechanistic basis of EMC's multifunctionality and point to its role in differentially regulating the biogenesis of distinct client protein classes. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 401.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 323 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-ER membrane protein complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 87272.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: P25574 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 33893.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: P47133 |
#3: タンパク質 | 分子量: 28372.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: P36039 |
#4: タンパク質 | 分子量: 21478.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: P53073 |
#5: タンパク質 | 分子量: 20489.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: P40540 |
#6: タンパク質 | 分子量: 12411.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: Q12431 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 GH
#7: タンパク質 | 分子量: 26627.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: P39543 |
---|---|
#8: タンパク質 | 分子量: 22792.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 / 参照: UniProt: Q12025 |
-抗体 , 2種, 2分子 IJ
#9: 抗体 | 分子量: 26849.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG |
---|---|
#10: 抗体 | 分子量: 25566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG |
-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 8分子 MN![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: BY4743 #12: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() 株: BL21-Gold(DE3)pLysS AG | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company / ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EM imaging | 加速電圧: 300 kV / 電子線源:
| |||||||||||||||
撮影 |
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
画像処理 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | Entry-ID: 7KTX / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 167.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|