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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kiy | ||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum RhopH complex in soluble form | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Plasmodium falciparum / malaria (マラリア) / RhopH complex | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / High molecular weight rhoptry protein-2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||
データ登録者 | Schureck, M.A. / Darling, J.E. / Merk, A. / Subramaniam, S. / Desai, S.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Malaria parasites use a soluble RhopH complex for erythrocyte invasion and an integral form for nutrient uptake. 著者: Marc A Schureck / Joseph E Darling / Alan Merk / Jinfeng Shao / Geervani Daggupati / Prakash Srinivasan / Paul Dominic B Olinares / Michael P Rout / Brian T Chait / Kurt Wollenberg / Sriram ...著者: Marc A Schureck / Joseph E Darling / Alan Merk / Jinfeng Shao / Geervani Daggupati / Prakash Srinivasan / Paul Dominic B Olinares / Michael P Rout / Brian T Chait / Kurt Wollenberg / Sriram Subramaniam / Sanjay A Desai / 要旨: Malaria parasites use the RhopH complex for erythrocyte invasion and channel-mediated nutrient uptake. As the member proteins are unique to Plasmodium spp., how they interact and traffic through ...Malaria parasites use the RhopH complex for erythrocyte invasion and channel-mediated nutrient uptake. As the member proteins are unique to Plasmodium spp., how they interact and traffic through subcellular sites to serve these essential functions is unknown. We show that RhopH is synthesized as a soluble complex of CLAG3, RhopH2, and RhopH3 with 1:1:1 stoichiometry. After transfer to a new host cell, the complex crosses a vacuolar membrane surrounding the intracellular parasite and becomes integral to the erythrocyte membrane through a PTEX translocon-dependent process. We present a 2.9 Å single-particle cryo-electron microscopy structure of the trafficking complex, revealing that CLAG3 interacts with the other subunits over large surface areas. This soluble complex is tightly assembled with extensive disulfide bonding and predicted transmembrane helices shielded. We propose a large protein complex stabilized for trafficking but poised for host membrane insertion through large-scale rearrangements, paralleling smaller two-state pore-forming proteins in other organisms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kiy.cif.gz | 475.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kiy.ent.gz | 370.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kiy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kiy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 177069.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 162877.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q8I060 |
#3: タンパク質 | 分子量: 104981.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: A0A024X9S2 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RhopH complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.434 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1310 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 58 / 利用したフレーム数/画像: 1-58 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: All cryo-EM image processing was performed in RELION 3.0. | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 311390 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68216 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 97.81 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 97.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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