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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kin | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA / RNA polymerase / Transcription factor / Mycobacterium tuberculosis / Iron cluster / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | ||||||
![]() | Lilic, M. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of transcriptional activation by the Mycobacterium tuberculosis intrinsic antibiotic-resistance transcription factor WhiB7. 著者: Mirjana Lilic / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / ![]() 要旨: In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription ...In pathogenic mycobacteria, transcriptional responses to antibiotics result in induced antibiotic resistance. WhiB7 belongs to the Actinobacteria-specific family of Fe-S-containing transcription factors and plays a crucial role in inducible antibiotic resistance in mycobacteria. Here, we present cryoelectron microscopy structures of Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase σ-holoenzyme, global regulators CarD and RbpA, and WhiB7, bound to a WhiB7-regulated promoter. The structures reveal how WhiB7 interacts with σ-holoenzyme while simultaneously interacting with an AT-rich sequence element via its AT-hook. Evidently, AT-hooks, rare elements in bacteria yet prevalent in eukaryotes, bind to target AT-rich DNA sequences similarly to the nuclear chromosome binding proteins. Unexpectedly, a subset of particles contained a WhiB7-stabilized closed promoter complex, revealing this intermediate's structure, and we apply kinetic modeling and biochemical assays to rationalize how WhiB7 activates transcription. Altogether, our work presents a comprehensive view of how WhiB7 serves to activate gene expression leading to antibiotic resistance. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 676.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 531.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 22888MC ![]() 7kifC ![]() 7kimC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame raw micrographs of Mycobacterium tuberculosis RNAP without WhiB7 transcription factor [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 129372.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, MRA_0676 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 147097.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, E5M52_05480, ERS007665_00591, ERS013471_00574, ERS023446_00410, ERS075361_00813, ERS094182_01340, F6W99_03342 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 11819.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, ERS007703_04032, ERS007720_04749, ERS094182_01030 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 57845.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: sigA, ERDMAN_2966 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-RNA polymerase-binding ... , 2種, 2分子 JM
#6: タンパク質 | 分子量: 12993.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rbpA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 17933.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: carD / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#8: DNA鎖 | 分子量: 30844.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#9: DNA鎖 | 分子量: 30862.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296097 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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