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万見
- PDB-7kf6: Cryo-electron microscopy structure of the heavy metal efflux pump... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kf6
タイトルCryo-electron microscopy structure of the heavy metal efflux pump CusA in a homogeneous binding copper(1) state
要素Cation efflux system protein CusA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / efflux / pump / heavy metal. copper / silver / closed / open / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


silver ion transport / silver ion transmembrane transporter activity / plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / detoxification of copper ion / response to copper ion ...silver ion transport / silver ion transmembrane transporter activity / plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / detoxification of copper ion / response to copper ion / xenobiotic transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / response to toxic substance / copper ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation efflux system CzcA/CusA/SilA/NccA/HelA/CnrA / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Cation efflux system protein CusA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Moseng, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145069 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM Structures of CusA Reveal a Mechanism of Metal-Ion Export.
著者: Mitchell A Moseng / Meinan Lyu / Tanadet Pipatpolkai / Przemyslaw Glaza / Corey C Emerson / Phoebe L Stewart / Phillip J Stansfeld / Edward W Yu /
要旨: Gram-negative bacteria utilize the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily of efflux pumps to expel a variety of toxic compounds from the cell. The CusA membrane protein, which ...Gram-negative bacteria utilize the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily of efflux pumps to expel a variety of toxic compounds from the cell. The CusA membrane protein, which recognizes and extrudes biocidal Cu(I) and Ag(I) ions, belongs to the heavy-metal efflux (HME) subfamily of RND efflux pumps. We here report four structures of the trimeric CusA heavy-metal efflux pump in the presence of Cu(I) using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We discover that different CusA protomers within the trimer are able to bind Cu(I) ions simultaneously. Our structural data combined with molecular dynamics (MD) simulations allow us to propose a mechanism for ion transport where each CusA protomer functions independently within the trimer. The bacterial RND superfamily of efflux pumps mediate resistance to a variety of biocides, including Cu(I) and Ag(I) ions. Here we report four cryo-EM structures of the trimeric CusA pump in the presence of Cu(I). Combined with MD simulations, our data indicate that each CusA protomer within the trimer recognizes and extrudes Cu(I) independently.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22844
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation efflux system protein CusA
B: Cation efflux system protein CusA
C: Cation efflux system protein CusA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,6926
ポリマ－347,5023
非ポリマー1913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area19170 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area128280 Å2

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要素

#1: タンパク質 Cation efflux system protein CusA


分子量: 115833.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cusA, ybdE, b0575, JW0564 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38054
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CusA in symmetric copper binding form / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.5 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc1_3777: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3452 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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