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- PDB-7k3r: Cryo-EM structure of AIM2-PYD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3r
タイトルCryo-EM structure of AIM2-PYD filament
要素Interferon-inducible protein AIM2
キーワードPROTEIN FIBRIL / Inflammasome / AIM2 filament / Helical reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / brain development / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-inducible protein AIM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zheng, W. / Matyszewski, M. / Sohn, J. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Distinct axial and lateral interactions within homologous filaments dictate the signaling specificity and order of the AIM2-ASC inflammasome.
著者: Mariusz Matyszewski / Weili Zheng / Jacob Lueck / Zachary Mazanek / Naveen Mohideen / Albert Y Lau / Edward H Egelman / Jungsan Sohn /
要旨: Inflammasomes are filamentous signaling platforms integral to innate immunity. Currently, little is known about how these structurally similar filaments recognize and distinguish one another. A cryo- ...Inflammasomes are filamentous signaling platforms integral to innate immunity. Currently, little is known about how these structurally similar filaments recognize and distinguish one another. A cryo-EM structure of the AIM2 filament reveals that the architecture of the upstream filament is essentially identical to that of the adaptor ASC filament. In silico simulations using Rosetta and molecular dynamics followed by biochemical and cellular experiments consistently demonstrate that individual filaments assemble bidirectionally. By contrast, the recognition between AIM2 and ASC requires at least one to be oligomeric and occurs in a head-to-tail manner. Using in silico mutagenesis as a guide, we also identify specific axial and lateral interfaces that dictate the recognition and distinction between AIM2 and ASC filaments. Together, the results here provide a robust framework for delineating the signaling specificity and order of inflammasomes.
履歴
登録2020年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22656
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22656
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible protein AIM2
B: Interferon-inducible protein AIM2
C: Interferon-inducible protein AIM2
D: Interferon-inducible protein AIM2
E: Interferon-inducible protein AIM2
F: Interferon-inducible protein AIM2
G: Interferon-inducible protein AIM2
H: Interferon-inducible protein AIM2
I: Interferon-inducible protein AIM2
J: Interferon-inducible protein AIM2
K: Interferon-inducible protein AIM2
L: Interferon-inducible protein AIM2
M: Interferon-inducible protein AIM2
N: Interferon-inducible protein AIM2
O: Interferon-inducible protein AIM2
P: Interferon-inducible protein AIM2
Q: Interferon-inducible protein AIM2
R: Interferon-inducible protein AIM2
S: Interferon-inducible protein AIM2
T: Interferon-inducible protein AIM2
U: Interferon-inducible protein AIM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,10221
ポリマ－284,10221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area33310 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area86510 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 3 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 7 / Rise per n subunits: 14 Å / Rotation per n subunits: 53.3 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
Interferon-inducible protein AIM2 / Absent in melanoma 2


分子量: 13528.655 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14862

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: AIM2-PYD filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2471: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9SPIDER初期オイラー角割当
12SPIDER３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 53.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 14 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99237 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00616359
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70121861
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.83710185
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462520
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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