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- PDB-7jlv: Structure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jlv
タイトルStructure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ
要素Disease resistance protein Roq1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Resistosome / Plant Immunity / Effector / LRR / TIR / NB-ARC
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / ADP binding / defense response / signal transduction
類似検索 - 分子機能
C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Disease resistance protein Roq1
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Martin, R. / Qi, T. / Zhang, H. / Lui, F. / King, M. / Toth, C. / Nogales, E. / Staskawicz, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of the activated ROQ1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ.
著者: Raoul Martin / Tiancong Qi / Haibo Zhang / Furong Liu / Miles King / Claire Toth / Eva Nogales / Brian J Staskawicz /
要旨: Plants and animals detect pathogen infection using intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) that directly or indirectly recognize pathogen effectors and activate an ...Plants and animals detect pathogen infection using intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) that directly or indirectly recognize pathogen effectors and activate an immune response. How effector sensing triggers NLR activation remains poorly understood. Here we describe the 3.8-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of the activated ROQ1 (recognition of XopQ 1), an NLR native to with a Toll-like interleukin-1 receptor (TIR) domain bound to the effector XopQ ( outer protein Q). ROQ1 directly binds to both the predicted active site and surface residues of XopQ while forming a tetrameric resistosome that brings together the TIR domains for downstream immune signaling. Our results suggest a mechanism for the direct recognition of effectors by NLRs leading to the oligomerization-dependent activation of a plant resistosome and signaling by the TIR domain.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22381
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22381
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disease resistance protein Roq1
B: Disease resistance protein Roq1
D: Disease resistance protein Roq1
G: Disease resistance protein Roq1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)604,72012
ポリマ－602,5944
非ポリマー2,1268
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "D"
d_4ens_1chain "G"
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "C"
d_3ens_2chain "F"
d_4ens_2chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPLEUA1 - 437
d_21ens_1ASPLEUD1 - 437
d_31ens_1ASPLEUG1 - 437
d_41ens_1ASPLEUJ1 - 437
d_11ens_2ATPATPB
d_21ens_2ATPATPE
d_31ens_2ATPATPH
d_41ens_2ATPATPK

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.000295722460157, 0.999999830019, 0.000502503217476), (-0.999999830836, 0.000295470693947, 0.000501024470432), (0.000500875910293, -0.000502651296659, 0.999999748232)-0.0540097561364, 121.987688498, -0.0245218043095
2given(-0.999999979976, -0.000200118624734), (-0.999999280273, -0.00119977208537), (-0.000200118152072, -0.00119977216421, 0.999999260249)122.022119037, 122.083835207, 0.070285350064
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5given(-0.999337651468, -0.0176388478685, 0.0318296937496), (0.0185554364899, -0.999414832078, 0.0287348081461), (0.0313042191244, 0.0293063895489, 0.999080167653)121.312968251, 119.292055918, -3.55652107331
6given(-0.0259307623064, 0.999527230909, -0.0165199950671), (-0.998251363815, -0.0250124455646, 0.053559240185), (0.0531207135543, 0.0178799395325, 0.998428013206)2.22776316267, 120.513381173, -3.65117543031

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要素

#1: タンパク質
Disease resistance protein Roq1 / NAD(+) hydrolase RPV1 / Recognition of XopQ 1 protein


分子量: 150648.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 遺伝子: ROQ1 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 組織 (発現宿主): Leaves
参照: UniProt: A0A290U7C4, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Roq1COMPLEX#10RECOMBINANT
2XopQCOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.150 MDaNO
210.049819 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Nicotiana benthamiana (ナス科)4100
32Xanthomonas euvesicatoria (バクテリア)456327
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Nicotiana benthamiana (ナス科)4100
32Nicotiana benthamiana (ナス科)4100
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMHEPES1
21 mMEDTA1
35 mMMgCl21
4150 mMNaCl1
510 mMKCl1
63 %trehalose1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 10 sec blot. Blot Force 10. 90 min incubation.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 80879 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -900 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11134
詳細: Images were collected as dose-fractionated movie frames.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18_3845精密化
PHENIX1.18_3845精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.18CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1254987
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15263 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 38.64 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003214612
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.739519712
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482192
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00432464
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d25.51395548
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000495896907796
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000506311474322
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000506133687496
ens_2d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000495705704575
ens_2d_3BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000468016418624
ens_2d_4BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000480983188133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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