+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fgg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM Structure of Chikungunya Virus Nonstructural Protein 1 with m7GTP | ||||||
要素 | mRNA-capping enzyme nsP1 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / nonstructural protein / Chikungunya virus / RNA cap / replication | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, K. / Law, M.C.Y. / Nguyen, T.M. / Tan, Y.B. / Wirawan, M. / Law, Y.S. / Luo, D.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Molecular basis of specific viral RNA recognition and 5'-end capping by the Chikungunya virus nsP1. 著者: Kuo Zhang / Michelle Cheok Yien Law / Trinh Mai Nguyen / Yaw Bia Tan / Melissa Wirawan / Yee-Song Law / Lak Shin Jeong / Dahai Luo / 要旨: Many viruses encode RNA-modifying enzymes to edit the 5' end of viral RNA to mimic the cellular mRNA for effective protein translation, genome replication, and evasion of the host defense mechanisms. ...Many viruses encode RNA-modifying enzymes to edit the 5' end of viral RNA to mimic the cellular mRNA for effective protein translation, genome replication, and evasion of the host defense mechanisms. Alphavirus nsP1 synthesizes the 5' end Cap-0 structure of viral RNAs. However, the molecular basis of the capping process remains unclear. We determine high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Chikungunya virus nsP1 in complex with m7GTP/SAH, covalently attached m7GMP, and Cap-0 viral RNA. These structures reveal details of viral-RNA-capping reactions and uncover a sequence-specific virus RNA-recognition pattern that, in turn, regulates viral-RNA-capping efficiency to ensure optimal genome replication and subgenomic RNA transcription. This sequence-specific enzyme-RNA pairing is conserved across all alphaviruses. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fgg.cif.gz | 959.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7fgg.ent.gz | 771.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fgg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fgg_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7fgg_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fgg_validation.xml.gz | 131.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fgg_validation.cif.gz | 199.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 62056.539 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8JUX6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
---|
-非ポリマー , 5種, 1812分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / #4: 化合物 | ChemComp-MGP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nonstructural Protein 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 2.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 244484 / 対称性のタイプ: POINT |