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万見
- PDB-7fci: human NTCP in complex with YN69083 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fci
タイトルhuman NTCP in complex with YN69083 Fab
要素
  • Fab Heavy chain
  • Fab Light chain
  • Sodium/bile acid cotransporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / transporter / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity ...bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatic sodium/bile acid cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Park, J.H. / Iwamoto, M. / Yun, J.H. / Uchikubo-Kamo, T. / Son, D. / Jin, Z. / Yoshida, H. / Ohki, M. / Ishimoto, N. / Mizutani, K. ...Park, J.H. / Iwamoto, M. / Yun, J.H. / Uchikubo-Kamo, T. / Son, D. / Jin, Z. / Yoshida, H. / Ohki, M. / Ishimoto, N. / Mizutani, K. / Oshima, M. / Muramatsu, M. / Wakita, T. / Shirouzu, M. / Liu, K. / Uemura, T. / Nomura, N. / Iwata, S. / Watashi, K. / Tame, J.R.H. / Nishizawa, T. / Lee, W. / Park, S.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the HBV receptor and bile acid transporter NTCP.
著者: Jae-Hyun Park / Masashi Iwamoto / Ji-Hye Yun / Tomomi Uchikubo-Kamo / Donghwan Son / Zeyu Jin / Hisashi Yoshida / Mio Ohki / Naito Ishimoto / Kenji Mizutani / Mizuki Oshima / Masamichi ...著者: Jae-Hyun Park / Masashi Iwamoto / Ji-Hye Yun / Tomomi Uchikubo-Kamo / Donghwan Son / Zeyu Jin / Hisashi Yoshida / Mio Ohki / Naito Ishimoto / Kenji Mizutani / Mizuki Oshima / Masamichi Muramatsu / Takaji Wakita / Mikako Shirouzu / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Norimichi Nomura / So Iwata / Koichi Watashi / Jeremy R H Tame / Tomohiro Nishizawa / Weontae Lee / Sam-Yong Park /
要旨: Around 250 million people are infected with hepatitis B virus (HBV) worldwide, and 15 million may also carry the satellite virus hepatitis D virus (HDV), which confers even greater risk of severe ...Around 250 million people are infected with hepatitis B virus (HBV) worldwide, and 15 million may also carry the satellite virus hepatitis D virus (HDV), which confers even greater risk of severe liver disease. The HBV receptor has been identified as sodium taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP), which interacts directly with the first 48 amino acid residues of the N-myristoylated N-terminal preS1 domain of the viral large protein. Despite the pressing need for therapeutic agents to counter HBV, the structure of NTCP remains unsolved. This 349-residue protein is closely related to human apical sodium-dependent bile acid transporter (ASBT), another member of the solute carrier family SLC10. Crystal structures have been reported of similar bile acid transporters from bacteria, and these models are believed to resemble closely both NTCP and ASBT. Here we have used cryo-electron microscopy to solve the structure of NTCP bound to an antibody, clearly showing that the transporter has no equivalent of the first transmembrane helix found in other SLC10 proteins, and that the N terminus is exposed on the extracellular face. Comparison of our structure with those of related proteins indicates a common mechanism of bile acid transport, but the NTCP structure displays an additional pocket formed by residues that are known to interact with preS1, presenting new opportunities for structure-based drug design.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/bile acid cotransporter
L: Fab Light chain
H: Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3303
ポリマ－89,3303
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sodium/bile acid cotransporter / Cell growth-inhibiting gene 29 protein / Na(+)/bile acid cotransporter / Na(+)/taurocholate ...Cell growth-inhibiting gene 29 protein / Na(+)/bile acid cotransporter / Na(+)/taurocholate transport protein / Sodium/taurocholate cotransporting polypeptide / Solute carrier family 10 member 1


分子量: 38529.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC10A1, NTCP, GIG29
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14973
#2: 抗体 Fab Light chain


分子量: 23382.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 27418.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1human NTCP in complex with YN69083ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENTall0MULTIPLE SOURCES
2NTCPCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Fab Light chain,Fab Heavy chainCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.089 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Mus musculus (ハツカネズミ)10090
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
30.005 %Lauryl maltose-neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 302 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELION3.1.2CTF補正
7Coot0.9.2モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
10RELION3.1.2初期オイラー角割当
11RELION3.1.2最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 688462 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4N7X

4n7x


PDB chain-ID: A
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0035749
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5817817
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.829781
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04908
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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