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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fap | ||||||
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タイトル | Structure of VAR2CSA-CSA 3D7 | ||||||
要素 | Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / Plasmodium falciparum / Complex / CSA binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated perturbation of host erythrocyte aggregation / infected host cell surface knob / antigenic variation / adhesion of symbiont to microvasculature / cell adhesion molecule binding / cell-cell adhesion / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, L. / Wang, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: The molecular mechanism of cytoadherence to placental or tumor cells through VAR2CSA from Plasmodium falciparum. 著者: Weiwei Wang / Zhaoning Wang / Xiuna Yang / Yan Gao / Xiang Zhang / Long Cao / Aguang Dai / Jin Sun / Lei Sun / Lubin Jiang / Zhenguo Chen / Lanfeng Wang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fap.cif.gz | 267.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fap.ent.gz | 196.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fap.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fap_validation.pdf.gz | 799.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fap_full_validation.pdf.gz | 827.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7fap_validation.xml.gz | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fap_validation.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/7fap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/7fap | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31504MC 7fasC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 306190.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1200600 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8I639 |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2774.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: VAR2CSA and CSA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 306 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241954 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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