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- PDB-7f0d: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome subu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f0d
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome subunit bound with clarithromycin
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 23S rRNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Mycobacterium tuberculosis / 50S ribosomal subunit / gate site A2062 / clarithromycin / dynamic interaction / Cryo-EM / drug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
CLARITHROMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...CLARITHROMYCIN / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L36 / 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, W. / Sun, Y. / Gao, N. / Li, Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11179012 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725007 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2011CB710800 中国
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of 50S ribosomal subunit bound with clarithromycin reveals dynamic and specific interactions with macrolides.
著者: Wen Zhang / ZhiFei Li / Yufan Sun / Peng Cui / Jianhua Liang / Qinghe Xing / Jing Wu / Yanhui Xu / Wenhong Zhang / Ying Zhang / Lin He / Ning Gao /
要旨: Tuberculosis (TB) is the leading infectious disease caused by (). Clarithromycin (CTY), an analog of erythromycin (ERY), is more potent against multidrug-resistance (MDR) TB. ERY and CTY were ...Tuberculosis (TB) is the leading infectious disease caused by (). Clarithromycin (CTY), an analog of erythromycin (ERY), is more potent against multidrug-resistance (MDR) TB. ERY and CTY were previously reported to bind to the nascent polypeptide exit tunnel (NPET) near peptidyl transferase center (PTC), but the only available CTY structure in complex with () ribosome could be misinterpreted due to resolution limitation. To date, the mechanism of specificity and efficacy of CTY for remains elusive since the ribosome-CTY complex structure is still unknown. Here, we employed new sample preparation methods and solved the ribosome-CTY complex structure at 3.3Å with cryo-EM technique, where the crucial gate site A2062 ( numbering) is located at the CTY binding site within NPET. Two alternative conformations of A2062, a novel -conformation as well as a swayed conformation bound with water molecule at interface, may play a role in coordinating the binding of specific drug molecules. The previously overlooked C-H hydrogen bond (H-bond) and π interaction may collectively contribute to the enhanced binding affinity. Together, our structure data provide a structural basis for the dynamic binding as well as the specificity of CTY and explain of how a single methyl group in CTY improves its potency, which provides new evidence to reveal previously unclear mechanism of translational modulation for future drug design and anti-TB therapy. Furthermore, our sample preparation method may facilitate drug discovery based on the complexes with low water solubility drugs by cryo-EM technique.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
6: 50S ribosomal protein L31
A: 23S rRNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,458,90433
ポリマ－1,458,13131
非ポリマー7722
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 012346CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6525.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmF, rpmF_1, rpmF_2 / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IMI5
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6512.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmG2, rpmG / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HU86
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5643.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmH / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A3E0V610
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7241.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmI / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045KKY9
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4323.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmJ / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A3E0V5U0
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8770.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmE / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HLX7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30644.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplB / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H5T7
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23127.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplC / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HU18
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23779.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplD / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045J9H1
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21052.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplE / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HUU0
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19408.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplF / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JJU1
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16196.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplI / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JW48
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16333.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplM / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A0T9D5H2
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13419.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplN / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045HTP7
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplO / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A654TTE7
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15724.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplP / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IWV9
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 19512.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplQ / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IVA2
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13211.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplR / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JK28
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13041.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplS / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IDD2
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14557.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplT / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045KJ85
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11173.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplU / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: P9WHC3
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 20424.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplV / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H760
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10976.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplW / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045J9M3
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11500.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplX / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IXU4
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22466.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rplY / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045JAK4
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8987.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmA / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045K0G1
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6920.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmB / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IDB8
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8872.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmC / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045IQ64
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 7361.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: rpmD / 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A0A045H4J2

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#7: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1017792.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: GenBank: 1251771536
#8: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 37097.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
発現宿主: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: GenBank: 1251771551

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#32: 化合物 ChemComp-CTY / CLARITHROMYCIN / クラリスロマイシン


分子量: 747.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H69NO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#33: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
由来についての詳細The source provided by authors are used.

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S subunitRIBOSOME#1-#310RECOMBINANT
250S ribosomal subunitRIBOSOME#1-#6, #9-#311RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34912 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 5V7Q

5v7q


Accession code: 5V7Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009103039
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.036155325
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.73654387
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05519991
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0077673

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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