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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ez2 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA / RNA structure / Tetrahymena ribozyme | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Su, Z. / Zhang, K. / Kappel, K. / Luo, B. / Das, R. / Chiu, W. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of full-length Tetrahymena ribozyme at 3.1 Å resolution. 著者: Zhaoming Su / Kaiming Zhang / Kalli Kappel / Shanshan Li / Michael Z Palo / Grigore D Pintilie / Ramya Rangan / Bingnan Luo / Yuquan Wei / Rhiju Das / Wah Chiu / 要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a standard technique for determining protein structures at atomic resolution. However, cryo-EM studies of protein-free RNA are in ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become a standard technique for determining protein structures at atomic resolution. However, cryo-EM studies of protein-free RNA are in their early days. The Tetrahymena thermophila group I self-splicing intron was the first ribozyme to be discovered and has been a prominent model system for the study of RNA catalysis and structure-function relationships, but its full structure remains unknown. Here we report cryo-EM structures of the full-length Tetrahymena ribozyme in substrate-free and bound states at a resolution of 3.1 Å. Newly resolved peripheral regions form two coaxially stacked helices; these are interconnected by two kissing loop pseudoknots that wrap around the catalytic core and include two previously unforeseen (to our knowledge) tertiary interactions. The global architecture is nearly identical in both states; only the internal guide sequence and guanosine binding site undergo a large conformational change and a localized shift, respectively, upon binding of RNA substrates. These results provide a long-sought structural view of a paradigmatic RNA enzyme and signal a new era for the cryo-EM-based study of structure-function relationships in ribozymes. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ez2.cif.gz | 205.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ez2.ent.gz | 149.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ez2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ez2_validation.pdf.gz | 868.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ez2_full_validation.pdf.gz | 872.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ez2_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ez2_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ez2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/7ez2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2502.603 Da / 分子数: 1 / 変異: SSU415S1P,SSU415S2P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 発現宿主: synthetic construct (人工物) | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1788.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 発現宿主: synthetic construct (人工物) | ||
#3: RNA鎖 | 分子量: 126705.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 発現宿主: synthetic construct (人工物) | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Holo L-16 ScaI Tetrahymena ribozyme with substrates S1 and S2, and metal ions. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 78.2 K |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5559 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 854763 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 230386 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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