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- PDB-7etw: Cryo-EM structure of Scap/Insig complex in the present of digitonin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7etw
タイトルCryo-EM structure of Scap/Insig complex in the present of digitonin.
要素
  • Insulin-induced gene 2 protein
  • Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sterol sensing / SREBP / Scap / Insig / cholestrol / digitonin
機能・相同性
機能・相同性情報


SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / cranial suture morphogenesis / SREBP-SCAP complex / negative regulation of steroid biosynthetic process / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / response to vitamin B3 / sterol binding / SREBP signaling pathway ...SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / cranial suture morphogenesis / SREBP-SCAP complex / negative regulation of steroid biosynthetic process / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / response to vitamin B3 / sterol binding / SREBP signaling pathway / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / oxysterol binding / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / middle ear morphogenesis / inner ear morphogenesis / triglyceride metabolic process / roof of mouth development / cholesterol biosynthetic process / protein sequestering activity / cholesterol metabolic process / response to insulin / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to insulin stimulus / unfolded protein binding / response to hypoxia / immune response / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Insulin-induced protein family / Insulin-induced protein (INSIG) / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Insulin-induced protein family / Insulin-induced protein (INSIG) / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Insulin-induced gene 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Yan, R. / Cao, P. / Song, W. / Li, Y. / Wang, T. / Qian, H. / Yan, C. / Yan, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis for sterol sensing by Scap and Insig.
著者: Renhong Yan / Pingping Cao / Wenqi Song / Yaning Li / Tongtong Wang / Hongwu Qian / Chuangye Yan / Nieng Yan /
要旨: The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway monitors the cellular cholesterol level through sterol-regulated association between the SREBP cleavage-activating protein (Scap) and the ...The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway monitors the cellular cholesterol level through sterol-regulated association between the SREBP cleavage-activating protein (Scap) and the insulin-induced gene (Insig). Despite structural determination of the Scap and Insig-2 complex bound to 25-hydroxycholesterol, the luminal domains of Scap remain unresolved. In this study, combining cryogenic electron microscopy (cryo-EM) analysis and artificial intelligence-facilitated structural prediction, we report the structure of the human Scap/Insig-2 complex purified in digitonin. The luminal domain loop 1 and a co-folded segment in loop 7 of Scap resemble those of the luminal/extracellular domain in NPC1 and related proteins, providing clues to the cholesterol-regulated interaction of loop 1 and loop 7. An additional luminal interface is observed between Scap and Insig. We also show that Scap(D428A), which inhibits SREBP activation even under sterol depletion, exhibits an identical conformation with the wild-type protein when complexed with Insig-2, and its constitutive suppression of the SREBP pathway may also involve a later step in protein trafficking.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年9月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31303
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-induced gene 2 protein
B: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9557
ポリマ－106,6132
非ポリマー5,3425
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3280 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area42880 Å2

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要素

#1: タンパク質 Insulin-induced gene 2 protein / INSIG-2


分子量: 24749.660 Da / 分子数: 1 / 変異: C14S, C90S, C215S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSIG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5U4
#2: タンパク質 Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / SCAP / SREBP cleavage-activating protein


分子量: 81863.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCAP, KIAA0199, PSEC0227 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12770
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Scap and Insig complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S
緩衝液pH: 8
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 252929 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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