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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7epz | ||||||||||||
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タイトル | Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex | ||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport ...cystine:glutamate antiporter activity / regulation of neutrophil apoptotic process / L-kynurenine transmembrane transport / L-kynurenine transmembrane transporter activity / regulation of cysteine metabolic process / regulation of glutathione biosynthetic process / regulation of glutamate metabolic process / regulation of melanin biosynthetic process / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / L-cystine transport / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-amino acid transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / regulation of protein transport / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / negative regulation of ferroptosis / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / L-glutamate transmembrane transport / glutathione transmembrane transport / regulation of cellular response to oxidative stress / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / ventricular system development / intracellular glutamate homeostasis / lens fiber cell differentiation / L-glutamate import across plasma membrane / Tryptophan catabolism / striatum development / astrocyte projection / exogenous protein binding / anchoring junction / limb development / Basigin interactions / response to redox state / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / microvillus membrane / adult behavior / amino acid transport / regulation of synapse organization / lung alveolus development / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / glutathione metabolic process / basal plasma membrane / brush border membrane / response to nicotine / visual learning / modulation of chemical synaptic transmission / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / platelet aggregation / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / apical part of cell / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
![]() | Yan, R.H. / Li, Y.N. / Zhang, Y.Y. / Chi, X.M. / Zhou, Q. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of erastin-bound xCT-4F2hc complex reveals molecular mechanisms underlying erastin-induced ferroptosis. 著者: Renhong Yan / Enjun Xie / Yaning Li / Jin Li / Yuanyuan Zhang / Ximin Chi / Xueping Hu / Lei Xu / Tingjun Hou / Brent R Stockwell / Junxia Min / Qiang Zhou / Fudi Wang / ![]() ![]() | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31251MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70160.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 57609.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 化合物 | ChemComp-J9O / | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Overall structure of Erastin-bound xCT-4F2hc complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.0.6 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114524 / 対称性のタイプ: POINT |