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万見
- PDB-7e51: Structure of PEP bound Enolase from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+51
タイトルStructure of PEP bound Enolase from Mycobacterium tuberculosis
要素Enolase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOENOLPYRUVATE / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Bose, S. / Vinothkumar, K.R.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2023
タイトル: Structural snapshots of Mycobacterium tuberculosis enolase reveal dual mode of 2PG binding and its implication in enzyme catalysis.
著者: Mohammed Ahmad / Bhavya Jha / Sucharita Bose / Satish Tiwari / Abhisek Dwivedy / Deepshikha Kar / Ravikant Pal / Richard Mariadasse / Tanya Parish / Jeyaraman Jeyakanthan / Kutti R ...著者: Mohammed Ahmad / Bhavya Jha / Sucharita Bose / Satish Tiwari / Abhisek Dwivedy / Deepshikha Kar / Ravikant Pal / Richard Mariadasse / Tanya Parish / Jeyaraman Jeyakanthan / Kutti R Vinothkumar / Bichitra Kumar Biswal /
要旨: Enolase, a ubiquitous enzyme, catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate (2PG) to phosphoenolpyruvate (PEP) in the glycolytic pathway of organisms of all three domains of life. The ...Enolase, a ubiquitous enzyme, catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate (2PG) to phosphoenolpyruvate (PEP) in the glycolytic pathway of organisms of all three domains of life. The underlying mechanism of the 2PG to PEP conversion has been studied in great detail in previous work, however that of the reverse reaction remains to be explored. Here we present structural snapshots of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) enolase in apo, PEP-bound and two 2PG-bound forms as it catalyzes the conversion of PEP to 2PG. The two 2PG-bound complex structures differed in the conformation of the bound product (2PG) viz the widely reported canonical conformation and a novel binding pose, which we refer to here as the alternate conformation. Notably, we observed two major differences compared with the forward reaction: the presence of Mg is non-obligatory for the reaction and 2PG assumes an alternate conformation that is likely to facilitate its dissociation from the active site. Molecular dynamics studies and binding free energy calculations further substantiate that the alternate conformation of 2PG causes distortions in both metal ion coordination and hydrogen-bonding interactions, resulting in an increased flexibility of the active-site loops and aiding product release. Taken together, this study presents a probable mechanism involved in PEP to 2PG catalysis that is likely to be mediated by the conformational change of 2PG at the active site.
履歴
登録2021年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30989
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30989
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
B: Enolase
C: Enolase
D: Enolase
E: Enolase
F: Enolase
G: Enolase
H: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,43232
ポリマ－367,6998
非ポリマー1,73324
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area25930 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area105140 Å2

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要素

#1: タンパク質
Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 45962.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: eno, AYJ03_005430, DSI38_18100, ERS007663_02163, ERS013471_01432, ERS024276_01771, ERS027659_01730, ERS075361_03197, ERS094182_03347, F6W99_03724, SAMEA2683035_03102
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0E8NV14, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Octameric Enolase enzyme / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.37 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: mc24517
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
325 mMImidazoleImidazole1
41 mMmagnesium sulphateMgSO41
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 130841 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4813 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 931 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 27.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 147184
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61261 / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 59.41 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7CLL

7cll


Accession code: 7CLL / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00525408
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61934568
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.46415112
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453992
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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