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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e2g | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hDisp1NNN-3C | |||||||||
![]() | Protein dispatched homolog 1,Protein dispatched homolog 1 | |||||||||
![]() | LIPID TRANSPORT / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / peptide transport / dorsal/ventral pattern formation / peptide transmembrane transporter activity / determination of left/right symmetry / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization ...patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / peptide transport / dorsal/ventral pattern formation / peptide transmembrane transporter activity / determination of left/right symmetry / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization / basolateral plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å | |||||||||
![]() | Li, W. / Wang, L. / Gong, X. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into proteolytic activation of the human Dispatched1 transporter for Hedgehog morphogen release. 著者: Wanqiu Li / Linlin Wang / Bradley M Wierbowski / Mo Lu / Feitong Dong / Wenchen Liu / Sisi Li / Peiyi Wang / Adrian Salic / Xin Gong / ![]() ![]() 要旨: The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- ...The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- and cholesterol-modified Hh ligands from producing cells. Disp function requires Furin-mediated proteolytic cleavage of its extracellular domain, but how this activates Disp remains obscure. Here, we employ cryo-electron microscopy to determine atomic structures of human Disp1 (hDisp1), before and after cleavage, and in complex with lipid-modified Sonic hedgehog (Shh) ligand. These structures, together with biochemical data, reveal that proteolytic cleavage opens the extracellular domain of hDisp1, removing steric hindrance to Shh binding. Structure-guided functional experiments demonstrate the role of hDisp1-Shh interactions in ligand release. Our results clarify the mechanisms of hDisp1 activation and Shh morphogen release, and highlight how a unique proteolytic cleavage event enabled acquisition of a protein substrate by a member of a family of small molecule transporters. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 169906.828 Da / 分子数: 1 / 変異: D572N,D573N,D1051N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: Q96F81 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-Y01 / #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: hDisp1NNN-3C / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.15 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159333 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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