+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bwr | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase complex EmbB2-AcpM2 in substrate DPA bound asymmetric "active state" | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / EmbB / cryo-EM / ethambutol / cell wall synthesis / arabinoglacatan / arabinosyltransferase / acyl-carrier-protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 indolylacetylinositol arabinosyltransferase / indolylacetylinositol arabinosyltransferase activity / arabinosyltransferase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / lipid A biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / acyl binding / acyl carrier activity / cell wall organization / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao, R.G. / Zhang, L. / Wang, Q. / Rao, Z.H. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM snapshots of mycobacterial arabinosyltransferase complex EmbB-AcpM. 著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Ruogu Gao / Jun Li / Xiuna Yang / Yan Gao / Wei Zhao / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Kajelle Kaur Besra / Wenqing Xu / Lijun Bi / Xian'en Zhang / ...著者: Lu Zhang / Yao Zhao / Ruogu Gao / Jun Li / Xiuna Yang / Yan Gao / Wei Zhao / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Kajelle Kaur Besra / Wenqing Xu / Lijun Bi / Xian'en Zhang / Luke W Guddat / Haitao Yang / Quan Wang / Gurdyal S Besra / Zihe Rao / 要旨: Inhibition of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) cell wall assembly is an established strategy for anti-TB chemotherapy. Arabinosyltransferase EmbB, which catalyzes the transfer of arabinose from the ...Inhibition of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) cell wall assembly is an established strategy for anti-TB chemotherapy. Arabinosyltransferase EmbB, which catalyzes the transfer of arabinose from the donor decaprenyl-phosphate-arabinose (DPA) to its arabinosyl acceptor is an essential enzyme for Mtb cell wall synthesis. Analysis of drug resistance mutations suggests that EmbB is the main target of the front-line anti-TB drug, ethambutol. Herein, we report the cryo-EM structures of Mycobacterium smegmatis EmbB in its "resting state" and DPA-bound "active state". EmbB is a fifteen-transmembrane-spanning protein, assembled as a dimer. Each protomer has an associated acyl-carrier-protein (AcpM) on their cytoplasmic surface. Conformational changes upon DPA binding indicate an asymmetric movement within the EmbB dimer during catalysis. Functional studies have identified critical residues in substrate recognition and catalysis, and demonstrated that ethambutol inhibits transferase activity of EmbB by competing with DPA. The structures represent the first step directed towards a rational approach for anti-TB drug discovery. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bwr.cif.gz | 346 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7bwr.ent.gz | 267.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bwr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bwr_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7bwr_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bwr_validation.xml.gz | 68 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bwr_validation.cif.gz | 101.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bwr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 116870.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: embB, MSMEI_6221 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: I7GAQ2, UniProt: A0R614*PLUS, indolylacetylinositol arabinosyltransferase #2: タンパク質 | 分子量: 10743.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: acpM, MSMEG_4326, MSMEI_4226 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R0B3 #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-F8L / [( | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterial Arabinosyltransferase Complex EmbB2-AcpM2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 254 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125899 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: THROUGHOUT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 178.88 Å2 / Biso mean: 94.9808 Å2 / Biso min: 20 Å2 |