+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7btr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | EcoR124I-ArdA in the Restriction-Alleviation State | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Cryoelectron microscopy / Innate immune mechanism / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type I site-specific deoxyribonuclease / type I site-specific deoxyribonuclease activity / N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis EnGen0302 (乳酸球菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, Y. / Gao, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structural insights into assembly, operation and inhibition of a type I restriction-modification system. 著者: Yina Gao / Duanfang Cao / Jingpeng Zhu / Han Feng / Xiu Luo / Songqing Liu / Xiao-Xue Yan / Xinzheng Zhang / Pu Gao / 要旨: Type I restriction-modification (R-M) systems are widespread in prokaryotic genomes and provide robust protection against foreign DNA. They are multisubunit enzymes with methyltransferase, ...Type I restriction-modification (R-M) systems are widespread in prokaryotic genomes and provide robust protection against foreign DNA. They are multisubunit enzymes with methyltransferase, endonuclease and translocase activities. Despite extensive studies over the past five decades, little is known about the molecular mechanisms of these sophisticated machines. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the representative EcoR124I R-M system in different assemblies (RMS, RMS and MS) bound to target DNA and the phage and mobile genetic element-encoded anti-restriction proteins Ocr and ArdA. EcoR124I can precisely regulate different enzymatic activities by adopting distinct conformations. The marked conformational transitions of EcoR124I are dependent on the intrinsic flexibility at both the individual-subunit and assembled-complex levels. Moreover, Ocr and ArdA use a DNA-mimicry strategy to inhibit multiple activities, but do not block the conformational transitions of the complexes. These structural findings, complemented by mutational studies of key intermolecular contacts, provide insights into assembly, operation and inhibition mechanisms of type I R-M systems. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7btr.cif.gz | 391.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7btr.ent.gz | 308.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7btr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7btr_validation.pdf.gz | 916.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7btr_full_validation.pdf.gz | 946.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7btr_validation.xml.gz | 60.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7btr_validation.cif.gz | 91 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7btr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19135.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis EnGen0302 (乳酸球菌) 遺伝子: UMC_02545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M2A928 #2: タンパク質 | | 分子量: 120278.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hsdR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q304R3, UniProt: P10486*PLUS, type I site-specific deoxyribonuclease #3: タンパク質 | 分子量: 58077.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hsdM, hsm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P10484, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #4: タンパク質 | | 分子量: 46235.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hsdS, hss / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10485 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EcoR124I-ArdA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 4.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 263630 / 対称性のタイプ: POINT |