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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b1g | ||||||
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タイトル | TRPC4 in complex with Calmodulin | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / TRPC4 / COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN / CALMODULIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Cam-PDE 1 activation / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Cam-PDE 1 activation / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / RHO GTPases activate PAKs / Calmodulin induced events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / Calcineurin activates NFAT / eNOS activation / Ion transport by P-type ATPases / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Protein methylation / RAF activation / VEGFR2 mediated vascular permeability / RAS processing / Smooth Muscle Contraction / Ca2+ pathway / FCERI mediated Ca+2 mobilization / RHO GTPases activate IQGAPs / Extra-nuclear estrogen signaling / RAF/MAP kinase cascade / store-operated calcium channel activity / PKA activation / Platelet degranulation / cation channel complex / Stimuli-sensing channels / Ion homeostasis / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / organelle localization by membrane tethering / regulation of cardiac muscle cell action potential / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / nitric-oxide synthase binding / monoatomic cation transport / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / positive regulation of protein dephosphorylation / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / titin binding / voltage-gated potassium channel complex / sperm midpiece / calcium channel complex / regulation of cytosolic calcium ion concentration / adenylate cyclase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of heart rate / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of cytokinesis / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / spindle microtubule / spindle pole / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / calcium-dependent protein binding / myelin sheath / growth cone / transmembrane transporter binding / protein domain specific binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Vinayagam, D. / Quentin, D. / Sistel, O. / Merino, F. / Stabrin, M. / Hofnagel, O. / Ledeboer, M.W. / Malojcic, G. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis of TRPC4 regulation by calmodulin and pharmacological agents. 著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran ...著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran Malojcic / Stefan Raunser / 要旨: Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in ...Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in treating renal diseases. In cells, the channels are regulated by calmodulin (CaM). Molecular details of both CaM and drug binding have remained elusive so far. Here, we report structures of TRPC4 in complex with three pyridazinone-based inhibitors and CaM. The structures reveal that all the inhibitors bind to the same cavity of the voltage-sensing-like domain and allow us to describe how structural changes from the ligand-binding site can be transmitted to the central ion-conducting pore of TRPC4. CaM binds to the rib helix of TRPC4, which results in the ordering of a previously disordered region, fixing the channel in its closed conformation. This represents a novel CaM-induced regulatory mechanism of canonical TRP channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b1g.cif.gz | 501 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b1g.ent.gz | 391.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b1g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b1g_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b1g_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7b1g_validation.xml.gz | 76.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b1g_validation.cif.gz | 113.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105204.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: trpc4b, trpc4a / プラスミド: pEG BacMam / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: U3N7D8 #2: タンパク質 | | 分子量: 16852.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Calm1, Calm, Cam, Cam1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 codon plus RIL cells / 参照: UniProt: P0DP26 #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-44E / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.126 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 190 K / 最低温度: 160 K |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 88.52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7972 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: Cs corrector first generation |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 80 / 利用したフレーム数/画像: 1-80 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 678331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160829 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 58.04 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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