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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ata | ||||||||||||
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タイトル | Nudaurelia capensis omega virus procapsid: virus-like particles expressed in Nicotiana benthamiana | ||||||||||||
![]() | (p70) x 2 | ||||||||||||
![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / ICOSAHEDRAL VIRUS / AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE / VIRUS MATURATION / TRANSIENT EXPRESSION | ||||||||||||
機能・相同性 | Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Viral coat protein subunit / p70![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.63 Å | ||||||||||||
![]() | Castells-Graells, R. / Ribeiro, J.R.S. / Domitrovic, T. / Hesketh, E.L. / Scarff, C.A. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Plant-expressed virus-like particles reveal the intricate maturation process of a eukaryotic virus. 著者: Roger Castells-Graells / Jonas R S Ribeiro / Tatiana Domitrovic / Emma L Hesketh / Charlotte A Scarff / John E Johnson / Neil A Ranson / David M Lawson / George P Lomonossoff / ![]() ![]() ![]() 要旨: Many virus capsids undergo exquisitely choreographed maturation processes in their host cells to produce infectious virions, and these remain poorly understood. As a tool for studying virus ...Many virus capsids undergo exquisitely choreographed maturation processes in their host cells to produce infectious virions, and these remain poorly understood. As a tool for studying virus maturation, we transiently expressed the capsid protein of the insect virus Nudaurelia capensis omega virus (NωV) in Nicotiana benthamiana and were able to purify both immature procapsids and mature capsids from infiltrated leaves by varying the expression time. Cryo-EM analysis of the plant-produced procapsids and mature capsids to 6.6 Å and 2.7 Å resolution, respectively, reveals that in addition to large scale rigid body motions, internal regions of the subunits are extensively remodelled during maturation, creating the active site required for autocatalytic cleavage and infectivity. The mature particles are biologically active in terms of their ability to lyse membranes and have a structure that is essentially identical to authentic virus. The ability to faithfully recapitulate and visualize a complex maturation process in plants, including the autocatalytic cleavage of the capsid protein, has revealed a ~30 Å translation-rotation of the subunits during maturation as well as conformational rearrangements in the N and C-terminal helical regions of each subunit. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 388.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 11911MC ![]() 7anmC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.0 TB Data #1: aligned and dose-weighted micrographs [micrographs - single frame] Data #2: aligned and non-dose-weighted micrographs [micrographs - single frame]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62094.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 7815.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: VIRUS 詳細: The codon-optimized sequence was transiently expressed in Nicotiana benthamiana Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 16.76 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Gonimbrasia cytherea |
ウイルス殻 | 名称: coat / 直径: 480 nm / 三角数 (T数): 4 |
緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: NULL |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: NULL |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8554 / 詳細: NULL |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: NULL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: NULL / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5426 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 105.8 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: The model was built and refined against a density modified map generated using phenix.resolve_cryo_em. This used the Relion half maps as inputs and improved the resolution to 6.6 Angstrom. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7ANM |