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- PDB-7arq: Cryo EM of 3D DNA origami 16 helix bundle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7arq
タイトルCryo EM of 3D DNA origami 16 helix bundle
要素
  • (STAPLE STRAND) x 36
  • SCAFFOLD STRAND
キーワードDNA / DNA Origami
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å
データ登録者Feigl, E. / Kube, M. / Kohler, F.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
European Research Council (ERC) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Revealing the structures of megadalton-scale DNA complexes with nucleotide resolution.
著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W ...著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz /
要旨: The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is ...The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is folded by many short DNA oligonucleotides, can be employed to make objects comprising hundreds of unique DNA strands and thousands of base pairs, thus in principle providing many degrees of freedom for modelling complex objects of defined 3D shapes and sizes. Here, we address the problem of accurate structural validation of DNA objects in solution with cryo-EM based methodologies. By taking into account structural fluctuations, we can determine structures with improved detail compared to previous work. To interpret the experimental cryo-EM maps, we present molecular-dynamics-based methods for building pseudo-atomic models in a semi-automated fashion. Among other features, our data allows discerning details such as helical grooves, single-strand versus double-strand crossovers, backbone phosphate positions, and single-strand breaks. Obtaining this higher level of detail is a step forward that now allows designers to inspect and refine their designs with base-pair level interventions.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2020年11月25日ID: 6ZQL
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月10日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.32021年3月17日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / Item: _pdbx_database_PDB_obs_spr.id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11367
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: SCAFFOLD STRAND
AB: STAPLE STRAND
AC: STAPLE STRAND
AD: STAPLE STRAND
AE: STAPLE STRAND
AF: STAPLE STRAND
AG: STAPLE STRAND
AH: STAPLE STRAND
AI: STAPLE STRAND
AJ: STAPLE STRAND
AK: STAPLE STRAND
AL: STAPLE STRAND
AM: STAPLE STRAND
AN: STAPLE STRAND
AO: STAPLE STRAND
AP: STAPLE STRAND
AQ: STAPLE STRAND
AR: STAPLE STRAND
AS: STAPLE STRAND
AT: STAPLE STRAND
AU: STAPLE STRAND
AV: STAPLE STRAND
AW: STAPLE STRAND
AX: STAPLE STRAND
AY: STAPLE STRAND
AZ: STAPLE STRAND
Aa: STAPLE STRAND
Ab: STAPLE STRAND
Ac: STAPLE STRAND
Ad: STAPLE STRAND
Ae: STAPLE STRAND
Af: STAPLE STRAND
Ag: STAPLE STRAND
Ah: STAPLE STRAND
Ai: STAPLE STRAND
Aj: STAPLE STRAND
Ak: STAPLE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)828,84637
ポリマ－828,84637
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area172890 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area423390 Å2
手法PISA

-
要素

+
DNA鎖 , 37種, 37分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAd...

#1: DNA鎖 SCAFFOLD STRAND


分子量: 406694.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15179.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13015.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10179.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8243.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10700.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15145.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10520.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10515.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#10: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9214.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#11: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14125.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#12: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14171.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#13: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13500.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8826.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12427.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13235.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#17: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12224.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#18: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9196.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#19: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10470.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12517.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#21: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13099.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#22: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11307.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#23: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12705.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#24: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10087.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10903.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#26: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9571.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#27: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14872.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#28: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11713.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#29: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14722.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#30: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11670.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#31: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8256.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#32: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10966.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#33: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12886.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#34: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10741.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#35: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14607.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#36: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8301.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#37: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12327.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo EM of 3D DNA origami 16 helix bundle / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 10 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44605 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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