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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ajq | ||||||
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タイトル | cryo-EM structure of ExbBD from Serratia Marcescens | ||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / TonB transport / MEMBRANE PROTEIN / IRON UPTAKE / PROTON TRANSFER / TONB COMPLEX / METAL TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() transmembrane transporter activity / protein transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
![]() | Biou, V. / Adaixo, R. / Coureux, P.D. / Delepelaire, P. / Chami, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and molecular determinants for the interaction of ExbB from Serratia marcescens and HasB, a TonB paralog. 著者: Valérie Biou / Ricardo Jorge Diogo Adaixo / Mohamed Chami / Pierre-Damien Coureux / Benoist Laurent / Véronique Yvette Ntsogo Enguéné / Gisele Cardoso de Amorim / Nadia Izadi-Pruneyre / ...著者: Valérie Biou / Ricardo Jorge Diogo Adaixo / Mohamed Chami / Pierre-Damien Coureux / Benoist Laurent / Véronique Yvette Ntsogo Enguéné / Gisele Cardoso de Amorim / Nadia Izadi-Pruneyre / Christian Malosse / Julia Chamot-Rooke / Henning Stahlberg / Philippe Delepelaire / ![]() ![]() ![]() 要旨: ExbB and ExbD are cytoplasmic membrane proteins that associate with TonB to convey the energy of the proton-motive force to outer membrane receptors in Gram-negative bacteria for iron uptake. The ...ExbB and ExbD are cytoplasmic membrane proteins that associate with TonB to convey the energy of the proton-motive force to outer membrane receptors in Gram-negative bacteria for iron uptake. The opportunistic pathogen Serratia marcescens (Sm) possesses both TonB and a heme-specific TonB paralog, HasB. ExbB has a long periplasmic extension absent in other bacteria such as E. coli (Ec). Long ExbB's are found in several genera of Alphaproteobacteria, most often in correlation with a hasB gene. We investigated specificity determinants of ExbB and HasB. We determined the cryo-EM structures of ExbB and of the ExbB-ExbD complex from S. marcescens. ExbB alone is a stable pentamer, and its complex includes two ExbD monomers. We showed that ExbB extension interacts with HasB and is involved in heme acquisition and we identified key residues in the membrane domain of ExbB and ExbB, essential for function and likely involved in the interaction with TonB/HasB. Our results shed light on the class of inner membrane energy machinery formed by ExbB, ExbD and HasB. #1: ![]() タイトル: Functional and structural characterization of Serratia marcescens ExbB: determinants of the interaction with HasB/TonB 著者: Biou, V. / Chami, M. / Coureux, P.D. / Laurent, B. / Ntsogo, Y. / Izadi-Pruneyre, N. / Malosse, C. / Chamot-Rooke, J. / Stahlberg, H. / Delepelaire, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 216.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29584.752 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16268.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: exbD, A8A12_13035, AN695_0216350, AR325_24260, BVG93_18405, BVG97_18665, DMW43_16865, E4655_06935, EGJ31_09425, FG174_21750, FOT62_00910, FR965_26870, G3M87_18025, G3M88_18025, G3M89_ ...遺伝子: exbD, A8A12_13035, AN695_0216350, AR325_24260, BVG93_18405, BVG97_18665, DMW43_16865, E4655_06935, EGJ31_09425, FG174_21750, FOT62_00910, FR965_26870, G3M87_18025, G3M88_18025, G3M89_17265, GMA22_18535, GST50_08875, GV243_22030, SMATCC274_40720 プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 5-ExbB + 2-ExbD complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.15 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: the sample was monodisperse as seen on gel filtration chromatogram | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 139000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 4.58 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4000 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1373000 / 詳細: picking on 3028 images with best resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 169 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6YE4 PDB chain-ID: A / Accession code: 6YE4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 168.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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