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- PDB-6zu5: Structure of the Paranosema locustae ribosome in complex with Lso2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zu5
タイトルStructure of the Paranosema locustae ribosome in complex with Lso2
要素
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5S rRNA
  • Lso2
  • RACK1
  • eL13
  • eL14
  • eL15
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL24
  • eL27
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL36
  • eL37
  • eL39
  • eL40
  • eL42
  • eL43
  • eL6
  • eL8
  • eS1
  • eS10
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS27
  • eS28
  • eS30
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • uL13
  • uL14
  • uL15
  • uL16
  • uL18
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL24
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL5
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS4
  • uS5
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME / Microsporidia / Pathogen / Hibernation / Genome Compaction
機能・相同性ADENOSINE MONOPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Paranosema locustae (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ehrenbolger, K. / Jespersen, N. / Sharma, H. / Sokolova, Y.Y. / Tokarev, Y.S. / Vossbrinck, C.R. / Barandun, J.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2019-02011 スウェーデン
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020
タイトル: Differences in structure and hibernation mechanism highlight diversification of the microsporidian ribosome.
著者: Kai Ehrenbolger / Nathan Jespersen / Himanshu Sharma / Yuliya Y Sokolova / Yuri S Tokarev / Charles R Vossbrinck / Jonas Barandun /
要旨: Assembling and powering ribosomes are energy-intensive processes requiring fine-tuned cellular control mechanisms. In organisms operating under strict nutrient limitations, such as pathogenic ...Assembling and powering ribosomes are energy-intensive processes requiring fine-tuned cellular control mechanisms. In organisms operating under strict nutrient limitations, such as pathogenic microsporidia, conservation of energy via ribosomal hibernation and recycling is critical. The mechanisms by which hibernation is achieved in microsporidia, however, remain poorly understood. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the ribosome from Paranosema locustae spores, bound by the conserved eukaryotic hibernation and recycling factor Lso2. The microsporidian Lso2 homolog adopts a V-shaped conformation to bridge the mRNA decoding site and the large subunit tRNA binding sites, providing a reversible ribosome inactivation mechanism. Although microsporidian ribosomes are highly compacted, the P. locustae ribosome retains several rRNA segments absent in other microsporidia, and represents an intermediate state of rRNA reduction. In one case, the near complete reduction of an expansion segment has resulted in a single bound nucleotide, which may act as an architectural co-factor to stabilize a protein-protein interface. The presented structure highlights the reductive evolution in these emerging pathogens and sheds light on a conserved mechanism for eukaryotic ribosome hibernation.
履歴
登録2020年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11437
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L50: 25S rRNA
L70: 5S rRNA
LA0: uL2
LAA: uL15
LB0: uL3
LBB: eL29
LC0: uL4
LCC: eL30
LD0: uL18
LDD: eL31
LE0: eL6
LEE: eL32
LF0: uL30
LFF: eL33
LG0: eL8
LGG: eL34
LH0: uL6
LHH: uL29
LI0: uL16
LII: eL36
LJ0: uL5
LJJ: eL37
LL0: eL13
LLL: eL39
LM0: eL14
LMM: eL40
LN0: eL15
LNN: Lso2
LO0: uL13
LOO: eL42
LP0: uL22
LPP: eL43
LQ0: eL18
LR0: eL19
LS0: eL20
LT0: eL21
LU0: eL22
LV0: uL14
LW0: eL24
LX0: uL23
LY0: uL24
LZ0: eL27
S60: 18S rRNA
SA0: uS2
SAA: eS26
SB0: eS1
SBB: eS27
SC0: uS5
SCC: eS28
SD0: uS3
SDD: uS14
SE0: eS4
SEE: eS30
SF0: uS7
SG0: eS6
SGG: RACK1
SH0: eS7
SI0: eS8
SJ0: uS4
SK0: eS10
SL0: uS17
SN0: uS15
SO0: uS11
SP0: uS19
SQ0: uS9
SR0: eS17
SS0: uS13
ST0: eS19
SU0: uS10
SV0: eS21
SW0: uS8
SX0: uS12
SY0: eS24
SZ0: eS25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,628,109262
ポリマ－2,622,88874
非ポリマー5,221188
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L50L70S60

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 854380.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38434.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#43: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 456967.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)

+
タンパク質 , 71種, 71分子 LA0LAALB0LBBLC0LCCLD0LDDLE0LEELF0LFFLG0LGGLH0LHHLI0LIILJ0LJJLL0LLLLM0LMMLN0LNNLO0LOOLP0LPP...

#3: タンパク質 uL2


分子量: 26693.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#4: タンパク質 uL15


分子量: 17532.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#5: タンパク質 uL3


分子量: 43599.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#6: タンパク質 eL29


分子量: 7622.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#7: タンパク質 uL4


分子量: 37110.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#8: タンパク質 eL30


分子量: 11819.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#9: タンパク質 uL18


分子量: 31082.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#10: タンパク質 eL31


分子量: 12772.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#11: タンパク質 eL6


分子量: 20550.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#12: タンパク質 eL32


分子量: 15613.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#13: タンパク質 uL30


分子量: 30087.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#14: タンパク質 eL33


分子量: 12309.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#15: タンパク質 eL8


分子量: 24884.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#16: タンパク質 eL34


分子量: 12878.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#17: タンパク質 uL6


分子量: 21066.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#18: タンパク質 uL29


分子量: 15352.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#19: タンパク質 uL16


分子量: 24798.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#20: タンパク質 eL36


分子量: 11431.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#21: タンパク質 uL5


分子量: 19817.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#22: タンパク質 eL37


分子量: 10792.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#23: タンパク質 eL13


分子量: 19552.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#24: タンパク質 eL39


分子量: 6467.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#25: タンパク質 eL14


分子量: 12682.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#26: タンパク質 eL40


分子量: 14495.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#27: タンパク質 eL15


分子量: 23671.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#28: タンパク質 Lso2


分子量: 9415.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#29: タンパク質 uL13


分子量: 23119.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#30: タンパク質 eL42


分子量: 13239.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#31: タンパク質 uL22


分子量: 19492.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#32: タンパク質 eL43


分子量: 9214.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#33: タンパク質 eL18


分子量: 20016.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#34: タンパク質 eL19


分子量: 19522.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#35: タンパク質 eL20


分子量: 20855.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#36: タンパク質 eL21


分子量: 18688.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#37: タンパク質 eL22


分子量: 13247.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#38: タンパク質 uL14


分子量: 15257.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#39: タンパク質 eL24


分子量: 15209.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#40: タンパク質 uL23


分子量: 11872.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#41: タンパク質 uL24


分子量: 16620.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#42: タンパク質 eL27


分子量: 14285.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#44: タンパク質 uS2


分子量: 27336.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#45: タンパク質 eS26


分子量: 11985.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#46: タンパク質 eS1


分子量: 26208.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#47: タンパク質 eS27


分子量: 9923.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#48: タンパク質 uS5


分子量: 28251.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#49: タンパク質 eS28


分子量: 7325.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#50: タンパク質 uS3


分子量: 24682.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#51: タンパク質 uS14


分子量: 7481.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#52: タンパク質 eS4


分子量: 30011.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#53: タンパク質 eS30


分子量: 7010.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#54: タンパク質 uS7


分子量: 21633.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#55: タンパク質 eS6


分子量: 25832.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#56: タンパク質 RACK1


分子量: 35507.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#57: タンパク質 eS7


分子量: 20213.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#58: タンパク質 eS8


分子量: 20073.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#59: タンパク質 uS4


分子量: 21702.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#60: タンパク質 eS10


分子量: 11604.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#61: タンパク質 uS17


分子量: 18735.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#62: タンパク質 uS15


分子量: 16639.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#63: タンパク質 uS11


分子量: 14354.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#64: タンパク質 uS19


分子量: 16537.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#65: タンパク質 uS9


分子量: 16499.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#66: タンパク質 eS17


分子量: 14702.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#67: タンパク質 uS13


分子量: 18093.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#68: タンパク質 eS19


分子量: 16191.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#69: タンパク質 uS10


分子量: 12699.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#70: タンパク質 eS21


分子量: 7380.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#71: タンパク質 uS8


分子量: 14369.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#72: タンパク質 uS12


分子量: 15789.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#73: タンパク質 eS24


分子量: 15866.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)
#74: タンパク質 eS25


分子量: 13719.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paranosema locustae (菌類)

-
非ポリマー , 3種, 188分子

#75: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#76: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#77: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Lso2 bound to the ribosome of Paranosema locustae / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#74 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Paranosema locustae (菌類)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 30 mM Tris-HCl, pH 7.5, 25 mM KCl, 5 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 1 mM EDTA
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 28.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正for final refinement
5CTFFIND4.1.13CTF補正for initial CTF estimation
8Coot0.8.9.2モデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.14-3260モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 320669
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124947 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築PDB-ID: 4V88

4v88


Accession code: 4V88 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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