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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zs9 | |||||||||||||||
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タイトル | Human mitochondrial ribosome in complex with ribosome recycling factor | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / Mitochondria / Ribosome / mRNA / tRNA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial ribosome binding / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination ...mitochondrial ribosome binding / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / ribosome disassembly / mitochondrial large ribosomal subunit / negative regulation of mitotic nuclear division / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal large subunit binding / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / nuclear membrane / endonuclease activity / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / nucleotide binding / synapse / GTP binding / nucleolus / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Aibara, S. / Singh, V. / Modelska, A. / Amunts, A. | |||||||||||||||
資金援助 | 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis of mitochondrial translation. 著者: Shintaro Aibara / Vivek Singh / Angelika Modelska / Alexey Amunts / 要旨: Translation of mitochondrial messenger RNA (mt-mRNA) is performed by distinct mitoribosomes comprising at least 36 mitochondria-specific proteins. How these mitoribosomal proteins assist in the ...Translation of mitochondrial messenger RNA (mt-mRNA) is performed by distinct mitoribosomes comprising at least 36 mitochondria-specific proteins. How these mitoribosomal proteins assist in the binding of mt-mRNA and to what extent they are involved in the translocation of transfer RNA (mt-tRNA) is unclear. To visualize the process of translation in human mitochondria, we report ~3.0 Å resolution structure of the human mitoribosome, including the L7/L12 stalk, and eight structures of its functional complexes with mt-mRNA, mt-tRNAs, recycling factor and additional trans factors. The study reveals a transacting protein module LRPPRC-SLIRP that delivers mt-mRNA to the mitoribosomal small subunit through a dedicated platform formed by the mitochondria-specific protein mS39. Mitoribosomal proteins of the large subunit mL40, mL48, and mL64 coordinate translocation of mt-tRNA. The comparison between those structures shows dynamic interactions between the mitoribosome and its ligands, suggesting a sequential mechanism of conformational changes. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zs9.cif.gz | 6.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zs9.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6zs9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zs9_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zs9_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zs9_validation.xml.gz | 373.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zs9_validation.cif.gz | 611.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zs9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+39S ribosomal protein ... , 46種, 51分子 0123456789XDXEXFXHXIXJXKXLXMXNXOXQXRXSXTXUXVXWXXXY...
-RNA鎖 , 3種, 3分子 XAAAXB
#11: RNA鎖 | 分子量: 500025.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#18: RNA鎖 | 分子量: 305171.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#44: RNA鎖 | 分子量: 23266.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 A0A1ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZ
-タンパク質 , 9種, 9分子 A2A3A4A5XPjopq
#14: タンパク質 | 分子量: 13498.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8 |
#16: タンパク質 | 分子量: 72759.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7 |
#17: タンパク質 | 分子量: 21372.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96E11 |
#56: タンパク質 | 分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K9D2 |
#76: タンパク質 | 分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K7J6 |
#80: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
#81: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#82: タンパク質 | 分子量: 23101.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A
#86: タンパク質・ペプチド | |
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-非ポリマー , 4種, 204分子
#87: 化合物 | ChemComp-ZN / #88: 化合物 | ChemComp-MG / #89: 化合物 | ChemComp-DOL / | #90: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | QUINUPRIST研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human mitochondrial ribosome bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs タイプ: RIBOSOME Entity ID: #1, #10-#19, #2, #20-#29, #3, #30-#39, #4, #40-#49, #5, #50-#59, #6, #60-#69, #7, #70-#79, #8, #80-#85, #9, #86 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14502 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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