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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zph | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Kinesin binding protein complexed with Kif15 motor domain | |||||||||||||||||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / Kinesin / microtubules / kinesin binding protein / KBP | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() plus-end kinesin complex / central nervous system projection neuron axonogenesis / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / mitochondrial transport / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / kinesin binding ...plus-end kinesin complex / central nervous system projection neuron axonogenesis / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / mitochondrial transport / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / kinesin binding / neuron projection maintenance / MHC class II antigen presentation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / in utero embryonic development / cytoskeleton / centrosome / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Atherton, J. / Hummel, J.J.A. / Olieric, N. / Locke, J. / Pena, A. / Rosenfeld, S.S. / Steinmetz, M.O. / Hoogenraad, C.C. / Moores, C.A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The mechanism of kinesin inhibition by kinesin-binding protein. 著者: Joseph Atherton / Jessica Ja Hummel / Natacha Olieric / Julia Locke / Alejandro Peña / Steven S Rosenfeld / Michel O Steinmetz / Casper C Hoogenraad / Carolyn A Moores / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Subcellular compartmentalisation is necessary for eukaryotic cell function. Spatial and temporal regulation of kinesin activity is essential for building these local environments via control of ...Subcellular compartmentalisation is necessary for eukaryotic cell function. Spatial and temporal regulation of kinesin activity is essential for building these local environments via control of intracellular cargo distribution. Kinesin-binding protein (KBP) interacts with a subset of kinesins via their motor domains, inhibits their microtubule (MT) attachment, and blocks their cellular function. However, its mechanisms of inhibition and selectivity have been unclear. Here we use cryo-electron microscopy to reveal the structure of KBP and of a KBP-kinesin motor domain complex. KBP is a tetratricopeptide repeat-containing, right-handed α-solenoid that sequesters the kinesin motor domain's tubulin-binding surface, structurally distorting the motor domain and sterically blocking its MT attachment. KBP uses its α-solenoid concave face and edge loops to bind the kinesin motor domain, and selected structure-guided mutations disrupt KBP inhibition of kinesin transport in cells. The KBP-interacting motor domain surface contains motifs exclusively conserved in KBP-interacting kinesins, suggesting a basis for kinesin selectivity. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 848.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 856 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71913.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41986.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Kinesin binding protein complexed with Kif15 motor domain cryo-EM density タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.072 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 詳細: Movies were dose weighted. |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 最終オイラー角割当 |
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7513 / 対称性のタイプ: POINT |