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万見
- PDB-6zlv: MreC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zlv
タイトルMreC
要素Rod shape-determining protein MreC
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacterial cell wall elongation
機能・相同性Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 1 / Rod shape-determining protein MreC / Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 2 / rod shape-determining protein MreC / regulation of cell shape / Cell shape-determining protein MreC
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Estrozi, L.F. / Contreras-Martel, C.
資金援助 ブラジル, フランス, 7件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/52067-6 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/12436-9 ブラジル
French National Research AgencyANR-18-CE11-0019 フランス
Foundation for Medical Research (France)DEQ20170336705 フランス
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/19906-5 ブラジル
French National Research AgencyANR-10-INBS-05-02 フランス
French National Research AgencyANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Self-association of MreC as a regulatory signal in bacterial cell wall elongation.
著者: Alexandre Martins / Carlos Contreras-Martel / Manon Janet-Maitre / Mayara M Miyachiro / Leandro F Estrozi / Daniel Maragno Trindade / Caíque C Malospirito / Fernanda Rodrigues-Costa / Lionel ...著者: Alexandre Martins / Carlos Contreras-Martel / Manon Janet-Maitre / Mayara M Miyachiro / Leandro F Estrozi / Daniel Maragno Trindade / Caíque C Malospirito / Fernanda Rodrigues-Costa / Lionel Imbert / Viviana Job / Guy Schoehn / Ina Attrée / Andréa Dessen /
要旨: The elongasome, or Rod system, is a protein complex that controls cell wall formation in rod-shaped bacteria. MreC is a membrane-associated elongasome component that co-localizes with the ...The elongasome, or Rod system, is a protein complex that controls cell wall formation in rod-shaped bacteria. MreC is a membrane-associated elongasome component that co-localizes with the cytoskeletal element MreB and regulates the activity of cell wall biosynthesis enzymes, in a process that may be dependent on MreC self-association. Here, we use electron cryo-microscopy and X-ray crystallography to determine the structure of a self-associated form of MreC from Pseudomonas aeruginosa in atomic detail. MreC monomers interact in head-to-tail fashion. Longitudinal and lateral interfaces are essential for oligomerization in vitro, and a phylogenetic analysis of proteobacterial MreC sequences indicates the prevalence of the identified interfaces. Our results are consistent with a model where MreC's ability to alternate between self-association and interaction with the cell wall biosynthesis machinery plays a key role in the regulation of elongasome activity.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / em_admin / em_entity_assembly_recombinant / entity_src_gen / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_recombinant.organism / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / refine / struct_ncs_dom_lim
Item: _em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high ..._em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11275
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rod shape-determining protein MreC
B: Rod shape-determining protein MreC
C: Rod shape-determining protein MreC
D: Rod shape-determining protein MreC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2194
ポリマ－76,2194
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6660 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 79 - 254 / Label seq-ID: 1 - 176

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Rod shape-determining protein MreC


分子量: 19054.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mreC, GNQ20_16665 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A9K3A1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: MreC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1200
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 2-20

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 62.997637589 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.35 Å / らせん対称軸の対称性: D2
粒子像の選択選択した粒子像数: 111624
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91840 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 3.5→3.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / SU B: 47.116 / SU ML: 0.604 / ESU R: 0.783
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.28244 --
obs0.28244 30441 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 127.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1 Å2-17.71 Å21.3 Å2
2--0.16 Å21.54 Å2
3----12.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 5352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.0125432
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7321.6347396
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.2365700
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg26.75821.571280
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.92415908
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.7941548
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1020.2716
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.010.024124
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it16.57611.262812
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it26.31416.8643508
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it23.70713.6982620
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined49.06621443
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A108160.01
12B108160.01
21A108100
22C108100
31A108140
32D108140
41B108220
42C108220
51B108220.01
52D108220.01
61C108080
62D108080
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.512 2274 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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